В августе 1949 г. полковник Комаров переключился на ведение следствия по секретарю ЦК и члену Оргбюро А.А. Кузнецову в рамках «ленинградского дела». О Юдине вспомнили в июле 1951 г., когда первый заместитель Генерального прокурора СССР К. Мокичев приступил к допросам Абакумова. Основные обвинения касались «ленинградского дела», дела молодёжной подпольной группы «СДР», дела «еврейского националиста врача Этингера». Тем не менее ему поставили в вину «попустительство террористическим намерениям» хирурга академика С.С. Юдина, якобы примкнувшего к заговору, которым руководил главный маршал артиллерии Воронов Н.Н., пообещавший передать власть в стране маршалу Жукову Г.К. (3). Итак, предположение, что Юдина готовили к процессу по делу Воронова и Жукова, подтверждается. Но дождаться сигнала на запуск этого дела Абакумову не довелось. 12 июля 1951 г. он был арестован, вскоре было арестовано руководство следственной части по особо важным делам, в том числе полковник Комаров.
Публикатор, кажется, искренне считает, что в протоколе допроса Юдина отражены факты и его действительные намерения, а не вымыслы следователя. Попробуем опровергнуть эту точку зрения примерами из практики МГБ и документами. Перед началом следствия по «ленинградскому делу» Комаров предложил план расследования дела Кузнецова, основанный на обвинении в шпионаже. От такого плана Абакумов категорически отказался, заявив: «Собственно, какой у этих арестованных шпионаж? Они давно на виду, постоянно находились под охраной МГБ, каждый их шаг был известен ..., начни мы ставить вопрос об их связи с заграницей, в ЦК будут смеяться» (2). Очевидно, проблем с получением признаний по любому виду преступлений не было. На допросах у К. Мокичева Абакумов показал: «Мы можем и бить арестованных - в ЦК ВКП(б) меня ...неоднократно предупреждали о том, чтобы наш чекистский аппарат не боялся применять меры физического воздействия к шпионам и другим государственным преступникам, когда это нужно» (2). И, наконец, ещё один документ - приказ от 4 апреля 1953 г. министра внутренних дел Л.П. Берия «О запрещении применения к арестованным каких-либо мер принуждения и физического воздействия» (4). Министр так характеризует методы работы следователей МГБ: «аресты невинных советских граждан, разнузданная фальсификация следственных материалов, широкое применение различных способов пыток».
Итак, теперь хирург С.С. Юдин и следователь В.И. Комаров одновременно оказались в тюрьме как подследственные. Но положение Юдина не меняется, он ещё долгих восемь месяцев будет ждать приговора. Новому министру С.Д. Игнатьеву было не до него. Надо разрабатывать «дело врачей», вести следствие по делу самого Абакумова, проводить кадровую чистку министерства, сопровождающуюся арестами и увольнениями. С июля 1951 г. по сентябрь 1952 г. было «вычищено» 42 тыс. чел. (2).
В конце концов дело Юдина отправляют в Особое совещание, но предварительно изымают все упоминания о том, что Юдину вменялись связи с крупными военачальниками, в том числе с Вороновым (1). Так что протокол, публикуемый С.А. Бондаревой, не является доказательством виновности Юдина, поскольку изъят их дела самими исполнителями. Он из документа превратился в эскизный набросок из творчества полковника Комарова. В ссылке Юдин возобновил лечебную деятельность, а спустя год и четыре месяца 29 июля 1953 г. решением того же Особого Совещания был реабилитирован. Хрущёв никакого отношения к этому акту не имел, в то время он - ещё не первый секретарь ЦК и, празднуя победу над Берия, не определился с основными направлениями своей политики, одним из которых вскоре станет «разоблачение культа личности». Полагают, что содействие в восстановлении справедливости оказал Н.А. Булганин, тогда Заместитель Председателя СМ СССР и министр обороны. В сентябре 1953 г. Юдин возвращается в Москву и возобновляет работу в медицинских учреждениях, но подорванное здоровье не позволяет ему в полной мере это делать. 12 июня 1954 г. С.С. Юдин в возрасте 62 лет умер.