Центр входит в состав Министерства обороны Российской Федерации. Такое организационное решение сложилось исторически и никак не связано с «милитаристскими устремлениями» и прочей чушью. Дело было так. Когда вопрос создания ракеты-носителя, способной вывести полезный груз на орбиту искусственного спутника Земли вышел на завершающую стадию, встал вопрос о создании системы измерительных пунктов, обеспечивающих выполнение спутниками возложенных на них задач. В условиях острого соперничества с США развернуть эту систему требовалось в сжатые сроки. При обсуждении путей решения проблемы выступил С.П. Королёв и сказал, что быстро выполнить задачу, учитывая отдалённость, сложные климатические условия и прочие трудности, смогут только военные. Министр обороны Маршал Советского Союза Г.К. Жуков обоснованно возразил, что для этого военное ведомство не имеет ни кадров, ни сил, ни средств. В итоге ЦК партии согласился с мнением Сергея Павлови-ча, выделив Министерству обороны необходимые ресурсы (по тогдашним возможностям). Первыми начальниками НИПов -командирами воинских частей были назначены опытные офицеры, прошедшие фронты Великой Отечественной. Именно на них легла вся тяжесть формирования частей, организации строительства технических, административных и жилых зданий, установки специальной техники, приёма её в эксплуатацию и начала работ по обеспечению управления спутниками. Как всегда, фронтовики не подвели.
Наземные пункты Центра располагаются по трассе полета спутников, запускаемых с полигонов Капустин Яр, Байконур, Плесецк - начиная от Ленинграда и кончая Приморьем и Камчаткой. Некоторые радиотехнические средства контроля были установлены на судах Тихоокеанской гидрографической экспедиции ТОГЭ-4, с помощью радиотехнических средств которых контролировалось включение тормозной двигательной установки при посадке спутника.
Создание и техническое оснащение НИПов происходило по типу ранее созданных полигонных измерительных комплексов - ПИКов. Эти комплексы, начиная с 1947 года, предназначались для испытаний первых баллистических ракет Р-1, Р-3, Р-5. Первые их испытания проходили на Государственном центральном полигоне Капустин Яр под Сталинградом. В течение почти 30 лет начальником полигона был Герой Социалистического Труда генерал-полковник Вознюк Василий Иванович.
Дальнейшее техническое развитие ПИКи получили в начале 50-х годов при испытании первой отечественной межконтинентальной баллистической ракеты - МБР Р-7, «семерки» разработки С.П. Королева. Эти работы проводились в Казахстане на полигоне Бай-конур. Для слежения за полетом ракет и фиксации мест падения их головных частей на Камчатке и в акватории Тихого океана были созданы наземные и морские измерительные пункты.
Головным разработчиком по этой тематике был определён НИИ-4 Министерства обороны. Одновременно шла разработка этим институтом Центра управления командно-измерительным комплексом. С его помощью в дальнейшем осуществлялся контроль полета первого искусственного спутника Земли, первого человека в Космос и все другие космические полёты.
В начале 1957 года началось строительство КИКа и его оснащение техническими средствами. Комплекс как организация представлял собой ряд самостоятельных воинских частей - НИПов, подчиненных единому Центру управления, – также воинской части. Первоначально эта часть входила в состав НИИ-4 МО.
НИПы оснащались самыми новейшими по тому времени радиотехническими средствами. Причем разработка наземных средств шла параллельно с созданием первых бортовых систем спутников.
Одновременно НИПы оборудовались узлами связи, вычислительными средствами и аппаратурой для приема специальной информации.
Для слежения за полетом спутника и определения параметров его орбиты в НИИ-4 был сформирован Координационный вычислительный центр (КВЦ), а затем Науч-ная координационная вычислительная часть (НКВЧ). В их задачу первоначально входило определение параметров орбиты спутника по данным измерений НИПов и расчет целеуказаний для них. В целеуказаниях указывались привязанные по времени координаты спутника в зоне видимости радиотехнических средств НИПов.
Для управления полетом спутника в НИИ-4 было создано оперативное техническое руководство - ОТР в составе разработчиков бортовых систем и наземных средств НИПов. По результатам телеметрической информации и орбитальных измерений оно разрабатывало радиокоманды управления спутником. Руководящим органом по управлению и работе со спутником на этапе испытаний первых образцов спутников была Государственная комиссия. Она определяла готовность к запуску спутника и дальнейшую работу с ним.
При посадке спутника привлекались телеметрические средства морских судов ТОГЭ-4. Для этого их выводили к западному побережью Африки, откуда они радиотехническими средствами контролировали исполнение команды на включение и работу тормозной двигательной установки спутника.