Наполеон рассек русские 1-ю и 2-ю Западные армии и стремился в короткие сроки уничтожить их порознь. Барклай разгадал этот замысел, а потому его армия и армия Багратиона, отказавшись от первоначального плана, начали отступать по сходящимся направлениям для соединения вглубь страны. 1-я армия отходила от Дриссы через Полоцк на Витебск (для прикрытия петербургского направления был отряжен 26-тысячный корпус генерал-лейтенанта, с ноября генерала от инфантерии П.X. Витгенштейна), а 2-я Западная армия из Слонима на Несвиж, Бобруйск, Мстиславль. Отступая, 1-я и 2-я армии, избегая ударов превосходящих сил противника и больших потерь, ведя только арьергардные бои, упорно шли на соединение.
Багратион первые схватки провел 9-10 июля у местечка Мир на Минском направлении и 23-24 июля у деревни Салтановка под Могилевом. 24 июля у деревни Островно, что находилась в 7 километрах к западу от Витебска, в бой вступил арьергард 1-й Западной армии. 4-й пехотный корпус генерала А.И. Остерман-Толстого, усиленный двумя полками гусар и ротой конной артиллерии, в течение трех суток отбивал натиск превосходящих сил корпуса маршала Мюрата, прикрывая отход основных сил армии Барклая-де-Толли.
Соединившись у стен Смоленска 22 июля (3 августа), русские армии от рядового до генерала горели желанием драться. Однако Барклай и на этот раз посчитал, что время для крупного сражения не пришло, нужно еще копить силы, подтягивать резервы. И все же после военного совета генералов 1-й и 2-й армий, где его оппонентом выступал Петр Багратион, ратовавший за решительное наступление, Барклай, оставшись в одиночестве, решился на схватку с Наполеоном. И 4-6 (16-18) августа под Смоленском развернулось кровопролитное сражение. Оно началось через два месяца после начала войны, в 500 км от русской западной границы и в 300 км от Москвы.
Смоленское сражение сразу пошло не по тому плану, как его задумывали штабы русских армий, и, по сути, вылилось в три сражения - при селе Красном (14 августа), в 46 км к западу от Смоленска, в самом Смоленске (16-18 августа) и у Валутиной горы (19 августа), в 25 км к востоку от Смоленска. Сам город, его обороняли в основном ополченцы, держался два дня и две ночи. Но сил оказалось недостаточно, чтобы остановить французов.
Но было достигнуто главное: под Смоленском русские войска, самоотверженно отражая атаки главных сил французской армии, сорвали план Наполеона навязать Русской армии генеральное сражение в невыгодных для нее условиях. Наполеон потерял около 20 тысяч солдат и офицеров, а русские армии - около 10 тысяч человек, преимущественно ополченцев. И все же в ночь на 6 (18) августа по приказу Барклая русские оставили Смоленск и отошли в Дорогобужу. Наполеон, отмечают историки, был взбешен. Русские армии опять ускользнули, навязать им генеральное сражение в невыгодных для неё условиях не удалось.
Воплощая замысел на дальнейшее истощение противника, сохранение армии для новых сражений, Барклай-де-Толли действовал вопреки ожиданиям Багратиона и многих других военачальников. Противник тем временем все ближе подходил к Москве. Длительное отступление и безуспешность действий вызвали взрыв недовольства и в русском обществе. Серьезные обвинения сыпались прежде всего в адрес военного министра и командующего 1-й Западной армией генерала Барклая. Брат императора Константин, находившийся в действующей армии, был особенно резок: “Не русская кровь течёт в том, кто нами командует. А мы, и больно, должны слушать его”. Командующий 2-й армией генерал П.И. Багратион открыто обвинил военного министра в неспособности руководить войсками и высказал это в письме императору.
Интересно мнение о тактике Барклая-де-Толли высказали в статье “Барклай-де-Толли” Карл Маркс и Фридрих Энгельс (смотри сочинения К. Маркса и Ф. Энгельса, М., 2 изд., т. 14-й). Они писали: “Великой заслугой Барклая-де-Толли является то, что он не уступил невежественным требованиям дать сражение, исходившим как от рядового состава русской армии, так и из главной квартиры; он осуществил отступление с замечательным искусством, непрерывно вводя в дело некоторую часть своих войск, с целью дать князю Багратиону возможность соединиться с ним и облегчить адмиралу Чичагову нападение на тылы противника”.
Под давлением общественного мнения Александр I учредил должность главнокомандующего всеми русскими армиями и назначил на неё 66-летнего генерала от инфантерии (с августа генерал-фельдмаршал) М.И. Кутузова - сподвижника А.В. Суворова, популярного в народе полководца, который в то время был начальником Петербургского ополчения. 17 (29) августа Кутузов прибыл в действующую армию, вступил в командование и 26-го (7 сентября) дал французам генеральное сражение у Бородино.