Тогда же, в начале июля, произошло неприятное событие. При запуске мотора командиру полка В.П. Иванову лопастью винта сломало руку. Его отправили в госпиталь, и в полк он уже не вернулся. Ушел на повышение и хорошо относившийся к Покрышкину начальник штаба А.Н. Матвеев. Смена командования негативно отразилась на дальнейшей судьбе героя.
16 июля полк перебазировался на аэродром в Ростове-на-Дону. Во время перелета летчики увидели два десятка Me-110, идущих на бомбежку железнодорожного узла Лиховской. Ситуация сложилась так, что асу пришлось в одиночку отражать атаки. В этом бою он подбил Me-110. В конце июля состоялся вылет в район станицы Аксайской. Там покрышкинцы встретили Ю-88, заходящих на бомбардировку переправы через Дон. Шестерка «яков» сорвала бомбежку, а сам ас подбил в этом бою Ю-88.
Тяжелый изнурительный бой провел Покрышкин 24 июля над переправой в районе Манычской плотины.
Виртуозная техника пилотирования Покрышкина измотала врага. Гитлеровские летчики, убедившись, что советского летчика не сбить, прекратили атаки.
Особенным стал день 2 августа. Под утро на аэродром близ города Кропоткин был совершен налет многочисленной группы Ю-88 и Me-110.
В этом бою Покрышкин сбил два самолета Ю-88 и подбил Me-110. Однако ас решил так:
В августе 1942 года в полк прибыло пополнение, а измотанных воздушными боями летчиков отправили получать новые самолеты в Баку. Однако отдыха у нашего героя не получилось. Вдали от фронта обострились взаимоотношения с командованием полка. Масла в огонь подлил инцидент в столовой. Как вспоминал сам летчик:
Вернувшись в полк с гауптвахты, Покрышкин узнаёт о том, что снят с должности командира эскадрильи и выведен за штат. Представление о присвоении звания Героя Советского Союза отозвано. На партбюро его исключили из ВКП(б) и более того — дело направлено в Бакинский военный трибунал! В вину вменялись оскорбления старших командиров, пререкания с начальством и нарушения требований устава истребительной авиации. Для штрафбата достаточно!
Именно в это время Покрышкин продумывает новые приемы ведения боевых действий. Понимая, что у него осталось мало времени, он изображает построение боевых порядков графически, на схемах, с краткими пояснениями. В блокноте боевая работа истребителей в действиях пары, звена и группы четко разделена на виды — прикрытие своих войск, сопровождение бомбардировщиков или штурмовиков, разведка, свободная охота. Формула наступательного воздушного боя — высота, скорость, маневр, огонь. Этот альбом Покрышкин передает близкому другу Вадиму Фадееву со словами:
Помогла случайность. Полк был включен в состав истребительной дивизии, прибывшей с фронта на переучивание и доукомплектование под Махачкалу. Там Покрышкин встретил знакомых командиров. С помощью комиссара дивизии и командующего воздушной армией он был восстановлен в партии и в своей прежней должности.