Наличие в армии пятой колонны нетерпимо в любом случае, а в виду явного приближения войны это особенно опасно. НКВД довольно сильно затянул с окончательной её ликвидацией. Только за неделю до войны, 14 июня 1941 г., в экстренном порядке началась решительная чистка этих соединений от ненадежного элемента. Ликвидация вражеского подполья сопровождалась перестрелками, причем убитые были с обеих сторон. Безусловно, чистка существенно ослабила силы прибалтийских союзников Гитлера. Однако полностью ликвидировать пятую колонну НКВД не сумел ни в армии, ни среди населения Прибалтики. С началом войны она причинила определенный вред советским войскам, нанося им удары в спину. В Вильнюсе, Риге, Каунасе и других городах прошли настоящие бои с пособниками гитлеровцев. К примеру, отступающая 5-я стрелковая дивизия в городе Каунас (Ковно) была встречена огнем боевиков литовской фашистской организации “Шаулю саюнга” (Союз стрелков) и уничтожила около трехсот этих гитлеровских пособников(ЦАМО РФ, ф.1146, оп.1, д.2, л.1).
Еще хуже было то, что взбунтовались некоторые подразделения литовских дивизий. Предательски уничтожив советских командиров, они, правда, в основном разбежались, но некоторые все же сочли возможным нападать на отступающие советские части.
Поэтому на середину июня командование округа обоснованно считало все шесть территориальных стрелковых дивизий – 180, 182 (эстонские), 181, 183 (латвийские), 179 и 184-ю (литовские) ненадежными, и, значит, небоеспособными. Когда командующий округом Кузнецов 22 июня просил помощи от Генштаба, он обосновывал просьбу и фактической небоеспособностью этих дивизий.
По этой причине в середине июня во второй оперативный эшелон округа срочно ввели 65-й стрелковый корпус в составе 11 и 16-й стрелковых дивизий. Раньше они прикрывали эстонское побережье и устье Финского залива, а с началом войны по плану прикрытия вообще должны были перейти в состав Северного фронта, преобразовываемого из Ленинградского округа(Военно-исторический журнал, 1996, №6, с.6).
В середине июня, как и в других округах, началась подготовка к передислокации названных соединений в сторону границы. 17 июня приступили к переброске по железной дороге 11-й стрелковой дивизии в район прикрытия 8-й армии, южнее Шауляя. 21 июня ее первые эшелоны разгрузились на станции Шедува и стали сосредоточиваться чуть западнее, в 35-45 км от границы (Иринархов Р.С. «Прибалтийский Особый». Минск, Харвест, 2004, с.25).
16-ю стрелковую дивизию предполагалось перебросить на участок прикрытия 11-й армии в район г. Пренай. Но к 23 июня успели перебросить в район Елгавы только управление 65 стрелкового корпуса. Сама 16-я сд из-за недостатка подвижного состава к 22 июня не смогла начать погрузку, а затем ее переброску и вовсе отменили(«История Прибалтийского военного округа 1940-1967». Рига, Штаб и политическое управление ПрибВО, 1968, с.77, 80). Очевидно, к тому времени, когда удалось выделить дефицитные вагоны, у советского командования появился и опыт участия в войне прибалтийских национальных дивизий. Видимо, опасаясь возможного удара в спину – на этот раз эстонских гитлеровцев – командование РККА не стало оголять главную базу Балтийского флота и побережье Финского залива. Впервые участие в боевых действиях 16-я сд приняла только в начале июля.
Тем не менее, на 17 июня в ПрибОВО, как и в других округах, дивизии, реально составлявшие резерв округа, либо готовились, либо уже начали переброску в назначенные им районы развертывания у западной границы.
Всего на 18 июня вместе с дивизиями ПрибОВО готовились к переброске или выводились в сторону границы 27 дивизий второго оперативного эшелона западных округов. Эти соединения добавились к 42 дивизиям резерва Главнокомандования и массе отдельных частей, находившихся на различных этапах переброски.
Однако и эти действия не охватывали весь процесс повышения боеготовности войск ПрибОВО. После 13 июня, то есть с момента, когда вышло якобы «расхолаживающее» и «дезориентирующее» Сообщение ТАСС, мероприятия по повышению боеготовности пошли в ПрибОВО уже сплошным потоком, захватив практически все войска округа. 15 июня последовал приказ №0052 Военного совета округа «По обеспечению боевой готовности войск округа». Этот обширный (5 страниц текста) приказ полностью должен был знать весь комсостав округа, начиная от командира дивизии. В преамбуле указывалось:
«