1993—2003 — председатель Национальной комиссии Российской Федерации по проведению международного десятилетия ООН по уменьшению опасности стихийных бедствий.
1994—2012 — министр Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (с 10 января 2000 г. по 7 мая 2000 г. одновременно заместитель председателя Правительства Российской Федерации).
5 мая 1995 года присвоено звание генерал-лейтенант МЧС.
1996 — куратор избирательной кампании президента Российской Федерации в субъектах Российской Федерации.
С 1996 — член Совета Безопасности Российской Федерации.
В 2000 году Шойгу возглавил партию «Единство», которая позже вместе с партиями «Отечество» (Ю. Лужков) и «Вся Россия» (М. Шаймиев) — блок Отечество-Вся Россия — была преобразована в партию «Единая Россия».
С 15 октября 2003 года — член Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации.
С ноября 2009 года — президент Русского географического общества.
До 30 июня 2011 года был председателем совета директоров федерального сетевого оператора в сфере навигационной деятельности «НИС ГЛОНАСС».
4 апреля 2012 года предложен «Единой Россией» на пост губернатора Московской области.
5 апреля 2012 года кандидатура Шойгу на пост губернатора Московской области единогласно поддержана Московской областной думой.
Вступил в должность 11 мая 2012 года
6 ноября 2012 года назначен министром обороны Российской Федерации.
В Шойгу заложены огромные реформаторские способности: по количеству генералов на одного бойца МЧС в 5 раз превосходит армию и МВД.
Во время аварии на Саяно-Шушенской ГЭС 60 водолазов из МЧС в течение четырёх суток не могли загерметизировать отсек, чтобы начать откачку воды. Водолазы из частных структур вшестером за четыре часа справились с задачей.
В 2010 году огонь от лесных пожаров частично или полностью сжёг 180 населенных пунктов, и это практически только в нескольких субъектах РФ, где непосредственной организацией и руководством борьбой с лесными пожарами занимались подразделения МЧС. Погибло 70 человек, 3,5 тысячи семей остались без крова. Основная часть ущерба и погибших пришлись именно на период после объявления ЧС и создания в субъектах значительных группировок сил ГО и ЧС. В целом, это больше, чем суммарно сгорело деревень за последние 50 лет по всей России, включая памятный 1972 год (тогда сгорело только 19 деревень) — период, когда работали профессиональные лесопожарные службы лесхозов и «Авиалесоохраны».
За получение многочисленных взяток был задержан С. Авинов, бывший начальник ФГУ «Эксплуатационная комендатура МЧС России», структуры, контролирующий распределение госконтрактов на строительство, ремонт и эксплуатацию зданий министерства.
Задержание С. Авинова было проведено в его 3-этажном особняке в элитном поселке Десна.
Это не единственная взятка в МЧС, за годы пребывания Шойгу в должности министра по чрезвычайным ситуациям в его «богадельне» накопилось столько неразрешимых проблем, что, стало легче от него избавиться, чем их решить. Партийного вождя Шойгу убрали из МЧС и дали ему «почетное пастбище» губернатора Подмосковья. Это обычное номенклатурное решение - двигать по горизонтали. Надо было куда-то пристроить большого человека «старший лейтенант запаса» после отставки с поста министра, вот и пристроили.
Министр обороны Шойгу всем показывает, что не в деньгах счастье, а в их количестве! По его словам, в ближайшее время все военные городки, которые не используются для нужд Минобороны, будут переведены в муниципальную собственность. У жителей появится более развитая инфраструктура, а у министерства — дополнительные деньги на развитие Вооруженных Сил. Наряду с техникой и кадрами, Минобороны займётся и вопросами медицины — по словам Шойгу, будут воссозданы медицинские роты, а в 2013 году появятся десять новых военно-полевых госпиталей. Шойгу понимает, что торговля медоборудованием, медикаментами и сырьем для производства наркотических обезболивающих приносит огромный барыш.
Выступая в Российской академии народного хозяйства и государственной службы при Президенте РФ, на встрече министров, представителей президентской администрации и парламентариев министр обороны С. Шойгу рассказал о приоритетных задачах, которые стоят перед российской армией и ответил на вопросы доверенных лиц «карусельного» президента В. Путина. Очень большой интерес у собравшихся вызвало развитие Вооруженных Сил РФ - все понимают, что с приходом нового министра обороны старый «распил» продолжится, как и «мутный» оборонзаказ.
Напомним, что в список доверенных лиц «карусельного вождя» В. Путина, активно поддержавших его в период избирательной кампании «напёрсточник Чуров», входит порядка 550 человек из разных регионов страны. Среди них – коррумпированные представители государственных структур, «рейдеры - Герои России», представители творческой интеллигенции (которая творит «чудеса» на выборах), спортсмены (от допинга к допингу), журналисты НТВ и прочие.