Лёгких рейсов не было. Немецкая авиация особенно рьяно охотилась за судами и кораблями, следовавшими со стороны Ленинграда, потому что
Война есть война, а кровью войны является горючее для техники, в котором особенно нуждались авиация и флот. Топливно-наливных судов не хватало, тогда моряки придумали буксировать через озеро железнодорожные цистерны, для чего в бухтах Гольсмана и Кобоне были сооружены специальные слипы с рельсами, уходящими в воду. Цистерны по ним спускались в озеро, сцеплялись по 8-9 штук, и буксир тянул их на противоположный берег. За этими рейсами железнодорожных цистерн внимательно следили в Смольном. Но и это не решало всех задач.
9 апреля 1942 года ГКО поставил перед Наркомом ВМФ задачу обеспечить во вторую военную навигацию (1942) огромный для той поры грузооборот через Ладожское озеро. Кроме транспортировки грузов, навигационного и конвойного обеспечения движения по озеру на флотилию возлагались задачи прикрытия большой и малой трасс от нападения противника, а также взаимодействие с сухопутными войсками. Благо, что зенитное и авиационное прикрытие водных трасс осуществляла ПВО Ленинградского фронта. Если в 1941 году перевозки по озеру производились в основном по большой трассе, то теперь возросла роль и малой трассы. К началу навигации на обоих берегах озера были созданы порты с большим причальным фронтом и развитой сетью железных и грунтовых дорог. Теперь уже суда разгружались у причалов, а не на рейде, что раньше отнимало много сил и времени.
Как я сказал выше, в снабжении осаждённого города особое место занимало топливо, иными словами, город и фронт нуждались в энергоресурсах. Ещё весной было принято решение о прокладке по дну озера трубопровода, энергетических кабелей и новых кабелей связи.
Непосредственно к прокладке трубопровода по дну озера приступили 21 мая 1942 г., все работы были закончены 16 июня. Флотилия не могла находиться в стороне от этого важного дела. Ещё весной, когда озеро было сковано льдом, гидрографы и подразделения аварийно-спасательной службы флота и флотилии произвели промер глубин и обследовали грунт в полосе будущей трассы трубопровода. Для этого было прорублено во льду 1500 лунок и составлена схема рельефа дна. Прокладывать трубы по дну озера оказалось непросто. Эта работа была по плечу только высококвалифицированным водолазам, которых опять же дал флот. Уже 18 июня по трубопроводу протяжённостью 30 км на западный берег потёк бензин. Теперь нефтебаржи стали перевозить только мазут…. Ответственность за доставку жидкого топлива в Ленинград нёс тыл Краснознамённого Балтийского флота.
Одновременно со строительством трубопровода по дну озера прокладывались кабели, изготовленные в условиях блокадной зимы заводом «Севкабель». Много энергии и труда вложили моряки в прокладку не только связного, но и пяти силовых кабелей, по которым должна подаваться в Ленинград энергия от восстановленной Волховской ГЭС. Прокладка кабелей была под пристальным вниманием военных и гражданских руководителей. Все работы были проведены в невиданно короткие сроки – за 50 суток. 23 сентября 1942 года город получил мощный поток электроэнергии, в полную силу заработали заводы… Это была большая победа.
Третья военная навигация закончилась 3 января 1944 года. Итоги деятельности флотилии за 1943 год выглядели довольно внушительно. За навигацию было отмечено более 20 активных боевых столкновений с кораблями вражеской флотилии, более 100 выходов кораблей для содействия сухопутным войскам, кроме этого непосредственно кораблями и судами флотилии было доставлено в Ленинград 20% всех грузов, а это немалая цифра 556 816 тонн различных грузов. Основной поток грузов уже шёл автомобильным и железнодорожным транспортом. 27 января 1944 года Ленинград салютовал доблестным войскам, окончательно и навсегда отбросившим фашистских захватчиков от его стен.