Зимой 1988 г. были депортированы десятки армянских сёл ряда сельских районов АзССР. Такая же участь постигла население более чем 40 армянских населённых пунктов северной части Нагорного Карабаха, не вошедшей при образовании НКО в её состав, включая 40-тысячное население Кировабада. После этих событий в Азербайджанской ССР осталась лишь незначительная часть армянского населения, главным образом в Баку — около 50 тысяч человек. (В 1988 г. в Баку жило примерно 215 тысяч армян).
Всплеск уличных нападений на армян и убийств приходится на август-сентябрь 1989 г. Люди продолжали уезжать, и к январю 1990 года в Баку, по приблизительным данным, оставалось уже около 30-35 тысяч армян.
К 12-13 января 1990 года армянские погромы в Баку приобрели организованный характер. 13 января после 17 часов толпа из примерно 50 тысяч человек, вышедшая с митинга на площади Ленина, разделившись на группы, стала методично, дом за домом, "очищать" город от армян.
Погромы продолжались до 20 января, когда в город были введены войска. С 13 по 20 января город был полностью "освобождён" от "армянских элементов", за исключением нескольких сотен армян из числа смешанных семей. Их позже "выуживали" для обмена на азербайджанских военнопленных.
В дни погромов в Баку вооружённые отряды НФА и азербайджанской милиции совершили вооружённые нападения уже с применением бронетехники на армянские сёла северной части Нагорного Карабаха и Шаумянского района.
В 1992 году против армян Нагорного Карабаха была начата полномасштабная война. Она сопровождалась методическими бомбардировками армянских населённых пунктов с воздуха, обстрелами из артиллерийских установок массового поражения и другими военными преступлениями, расcчитанными на уничтожение армянской национальной группы как таковой."
Из азербайджанских источников:
"В феврале 1988 года армянское население Нагорного Карабаха потребовало отделения автономной области от Азербайджанской республики и присоединения её к Армянской ССР. Принимавшие решения депутаты областного Совета НКАО не приехали в Баку, не выступили в Верховном Совете республики со своими предложениями. Слишком велика была их вера в ультиматум, в лживый слух, пущенный ловкими политиканами, о том, что Москва дала согласие и присоединение к Армении — дело дней.