В то время как Гоминьдан боролся против КПК, в 1931 г. Япония захватила Северо-Восточный Китай, создав на оккупированной её войсками территории марионеточное государство Маньчжоу-го, не признанное Лигой Наций. В это время Чан Кайши уже при поддержке советников из Германии предпринял новую кампанию по окружению и подавлению Центральной революционной базы в Цзянси. В октябре 1934 г. Красная армия была вынуждена оставить Цзянси и совершить Великий поход длиной 12500 км по суровым в климатическом отношении районам страны, преследуемая противником по пятам. В результате численность Красной армии сократилась с 300 до 30 тыс., а КПК — с 300 до 40 тыс. человек. В январе 1935 г. КПК провела в Цзуньи (провинция Гуйчжоу) расширенное совещание Политбюро ЦК КПК, на котором Мао Цзэдун впервые возглавил КПК и Красную армию Китая. В октябре 1935 г. Красная армия вышла в Северо-Западный Китай и создала там опорную революционную базу Шэньси-Ганьсу-Нинся со столицей в Яньане.
Поворотным пунктом в войне против Японии стали “сианьские события”. В декабре 1936 г. Северо-Восточная армия под командованием Чжан Сюэляна и 17-я армия под командованием Ян Хучэна были направлены в Северо-Западный Китай, но под влиянием антияпонских настроений масс Чжан Сюэлян и Ян Хучэн приняли предложение КПК о едином антияпонском фронте и арестовали отказавшегося пойти на это Чан Кайши. В это время в Сиань прибыла делегация КПК во главе с Чжоу Эньлаем для проведения переговоров для урегулирования инцидента, в результате чего Чан Кайши был освобожден и вернулся в Нанкин. Так начался второй период сотрудничества между Гоминьданом и КПК, где примиряющим обе стороны фактором стала необходимость противостоять японской агрессии.
Летом 1937 г. японские войска предприняли военное вторжение во внутренние районы Китая. КПК выступила за единый антияпонский фронт, при этом Гоминьдан обеспечивал военные операции на основных фронтах, а КПК организовывала партизанские действия. Национально-освободительная война китайского народа против японского империализм закончилась только в августе 1945 г., когда Советский Союз разгромил вооруженные силы Японии на территории Китая.