Далее по фильму один из повстанцев, аналог нынешнего кубинского диссидента, пытается сдать корабль вражеской контрразведке. Ему удается подставить Морфиуса и положить кучу товарищей. Однако выжившие Нео и девушка Тринити с глазами цвета морских глубин бросаются на штурм полной агентов "казармы Монкадо" и побеждают. Освобожденный Морфиус доживает до следующей серии, а повстанческая Куба чествует еще одну образовавшуюся в ходе спецоперации ревячейку — семью.
Создается впечатление, что матрица зависает, и вот-вот человечество станет свободным. В течение двух последующих лет, вплоть до 11 сентября 2001 года, по миру прокатывается волна мощнейших антиглобалистских ударов по системе. Проходят стотысячные манифестации против саммитов НАТО и большой восьмерки. Наиболее же радикальная часть движения вступает в локальные боевые действия с полицией и уничтожает ключевые символы американской матрицы — банки и макдональдсы. Причем если бы так и дальше продолжалось, то режиссеры, братья Вачовски, могли бы продолжать спокойно выращивать свою капусту. (Вспомним отличный фильм "Связь")
Однако впору пришлось 11 сентября. Старый цэрэушный агент бен Ладен якобы взрывает пару серваков — небоскребов в Нью-Йорке, и начинается новая стадия развертывания американской матрицы для всего мира. Причем легальным обоснованием этой операции становится "международная борьба с терроризмом". Президент Буш озвучивает свое меню под названием "ось зла". На первое — малая ось в составе Ирака, Ирана и Северной Кореи, на второе — менее значимые, с точки зрения Америки, страны. Причем менее значимые они именно потому, что у них либо нет нефти в таких количествах, как у Багдада и Тегерана, либо нет такого стратегического положения, как у Северной Кореи, с помощью которой американцы давят на своих южнокорейских и японских конкурентов.
Так что во второй Матрице "Перезагрузке" братья Вачовски задаются вопросом, а не инспирировано ли вообще все сопротивление. Тем самым, выставляя на передний план очень популярный сегодня вопрос: а не является ли антиглобализм, "Аль-Каида" и всевозможные формы сопротивления элементами системы. Тем более, что у всех перед глазами пример революционеров 70-х годов, которые буквально поголовно пополнили правящий класс современного западного общества. Начиная от Клинтона, который покуривал марихуанку и выступал против Вьетнамской войны, и заканчивая европейскими радикалами, входящими сейчас как в левые, так и в правые правительства — характерный пример министр иностранных дел Германии Йошка Фишер.
Название второй Матрицы "Перезагрузка" символично, ведь система обновляется и совершенствуется через сбои, при которых ее приходится устанавливать заново. Так что на самом деле повстанческое движение было изначально задумано с целью ликвидировать внутренние неполадки в матрице.
По братьям Вачовски это выглядит следующим образом. Матрица постоянно развивается, навешивая на себя все новые и новые программы. Вытесненные программы частично стираются, но частично остаются и начинают засорять систему. Образуется много дыр, много активных ведущих свою игру программ.
В этот момент матрица как раз и инспирирует повстанческое движение. Это движение выполняет роль вируса, который приводит к перезагрузке системы с учетом достигнутого уровня. И так история Матрицы может продолжаться до бесконечности. В этой связи возникает легко читаемая аналогия с 11 сентября. Ведь, приписываемые бен Ладену, кстати, тоже во многом виртуальному существу, теракты фактически открыли возможность для перезагрузки международной системы в новой американской упаковке.
Кроме того, в новой серии режиссеры выражают свой скепсис по поводу чудо-града Сеона, являющегося якобы центром сопротивления. По ходу фильма выясняется, что матрица специально инспирировала Сеон, чтобы собрать там максимальное число инакомыслящих, а потом прихлопнуть всех разом. Причем вопрос об уничтожении Сеона является скорее внутриматричным делом, на решение которого влияют различные программы. Некоторые из них даже заинтересованы в его существовании, чтобы усиливать борьбу с ним под угрозой импичмента.
Здесь также напрашивается аналогия с событиями в Ираке. Клинтону Ирак был нужен в качестве пугала и чтобы периодически постреливать по нему из-за своих оральных скандалов. Бушу же, в рамках его стратегии, направленной на запуск более американской модели международной матрицы, потребовалось ликвидировать врага. И враг — Саддам — был уничтожен в рамках бутафорской войны, ради съемок которой в Колорадо специально завозили аравийский песок.
Причем и Саддам выглядит, как агент Смиф. Он выполнил все поставленные перед ним задачи. Сначала ради США и Израиля воевал с неугодным Хомейни, затем организовал кувейтский спектакль, благодаря которому американцы плотно окопались в нефтяных странах Залива. А после успешного выполнения миссии по подставке всех врагов Америки вернулся домой в матрицу.