Примерно через полгода столкновения на националистической почве перекинулись в город Ош, на территорию Киргизии. В то время первым секретарем обкома партии этого региона был Усен Садыков, выходец с юга республики. Он принял решение забрать земли колхоза им. Ленина, которые возделывали в Оше узбеки, и отдать их киргизам. Это привело к межнациональным столкновениям. Подразделения МВД Киргизии не смогли справиться с ситуацией — и она вышла из-под контроля. С горных районов Памира, надев красные повязки смертников, на подмогу своим прибыли около 3000 киргизов. Убийства продолжалась около трех месяцев. В итоге с обеих сторон погибло около 4000 человек, оросительные каналы были забросаны тысячами трупов, но никто из основных организаторов событий осужден не был. Горбачев не сразу направил в регион части ВДВ из других районов СССР, которые смогли остановить кровопролитие. В СМИ СССР эти события практически не освещались.
ЦК компартии Киргизии возглавлял бывший шахтер Апсамат Масалиев, которого Горбачев поставил руководить перестройкой в республике. Он сменил Турдукуна Усубалиева, выходца с севера, который руководил Киргизстаном 28 лет. В результате этих перестановок потребовались новые кадры. Руководить отделом науки ЦК компартии Киргизии стал А.Акаев, выписанный из Ленинграда. В дополнение к посту А.Акаев получил и мандат депутата ВС СССР, где выступал за проведение рыночных реформ и обновление СССР. Депутаты Верховного Совета Киргизии вызвали его из Москвы и 27 октября 1990 избрали президентом республики. Одним из первых шагов Акаева на этом посту стало урегулирование конфликта в Оше при участии президента Узбекистана Ислама Каримова. После кровавых событий в Оше благодаря демократу Чингизу Айтматову Горбачев 1991 даже предлагал ему занять пост вице-президента Советского Союза, но Акаев отказался. В августе 1991 он заявил, что не станет выполнять приказы ГКЧП, и получил единодушную поддержку демократов. Деятельность компартии в Киргизии была запрещена, имущество конфисковано, страна провозглашена независимым государством Кыргызстан. 12 октября 1991 в ходе прямых президентских выборов Акаев, единственный кандидат, был переизбран на пост президента республики, а с февраля 1992г. по май 1993г. возглавлял правительство. В январе 1994г. его полномочия были подтверждены на референдуме. В 1994-м обострился конфликт между Акаевым и Верховным Советом республики, избранным еще до независимости. Когда оппозиционное большинство объявило о бойкоте заседаний, президент провозгласил парламент "самораспустившимся" и провел в октябре 1994 референдум об изменениях в конституции, которые позволили создать лояльный ему законодательный орган. Его сторонники одержали победу на парламентских выборах в мае 1995-го. А. Акаев, став президентом, первый визит совершил в США, подарив жене президента США Барбаре Буш золотое ожерелье с якутскими бриллиантами. Его встречали под гром артиллерийских залпов, расстелив красную ковровую дорожку. А КНР он подарил около 1000 кв.км территории своей страны, где были открыты залежи вольфрама, молибдена, золота, находились большие запасы воды и три российские погранзаставы. Межнационального мира не было, начались проблемы у русских и немцев. Необходимо напомнить, что в годы правления А. Акаева в Бишкеке прошла демонстрация, организованная демократами из Оша, с требованием, чтобы русские и немцы убирались из Киргизии. После этого начались моральное давление, иногда нападения, захваты квартир, грабежи, насилие. Президент порядка не наводил. В результате Киргизию покинула значительная часть русскоязычного населения. Предприятия промышленности разгромлены, пришло в упадок сельское хозяйство, распроданы склады с оружием. Безработица, смерть от голода. Зато республика превратилась в плацдарм неправительственных организаций стран Запада — было зарегистрировано около 5000 НПО; мировой рекорд, достойный книги Гиннесса.
Акаев был большим другом Ельцина. Видимо, поэтому в Киргизии появились памятник и улица Ельцина. Хотели назвать именем Ельцина даже гору, но передумали до лучших времен. Жена А. Акаева стала главным начальником отдела кадров республики, без ее согласия никто не назначался.