Как это ни парадоксально, не только Братья, но и военные были заинтересованы в революции. После 1952 военная служба считалась стартовой площадкой для государственной деятельности. Так при Насере практически все 24 поста губернаторов провинций замещались представителями армии, а до 90% египетских послов за рубежом являлись выходцами из офицерской среды. В начале своего правления Мубарак фактически проводил туже линию. Однако назначение Хосни Мубараком своего сына в качестве своего преемника во многом означало для генералитета и старшего офицерства — снижение перспектив. Приблизительно с начала 2000-х Гамаль Мубарак и его команда начали постепенно вытеснять старую гвардию, комплектовавшуюся из военных. Одновременно и процесс приватизации госпредприятий, инициированный младшим Мубараком, фактически грозил отнять у них значительную часть тех привилегий, которыми они пользовались.
Одновременно и отношение к главе спецслужб Омару Сулейману было негативным не только у Братьев, но и у армии. Позиция Братьев понятна: именно спецслужбы повинны в жестких репрессиях в отношении членов Движения. Чистки велись и в армейской среде. Причем речь шла не только об обнаружении и устранении радикалов, но и о выявлении слишком влиятельных и, соответственно, опасных лично для Хосни Мубарака фигур. Фактически задачей Омара Сулеймана было не допустить повторения ситуации конца 1980-х годов. В этот период при министре обороны маршале Абу Газале египетская армия по примеру турецкой старалась играть слишком независимую роль от политического руководства.
Правление Мубарака отрицательно воспринималось военными из-за потери армией той элитной роли, которую она привыкла играть в жизни Египта. Она всё больше превращалась во внутренние войска, используемые для охраны морских курортов, туристических достопримечательностей и газопровода в Израиль. Фактически Мубарак повторял ошибку короля Фарука, который вопринимал армию в качестве инструмента для наведения порядка внутри страны.
Для борьбы с чрезмерной политизированностью военных, ассоциировавшейся с "насеризмом", Мубарак продолжил линию Садата по "мягкой исламизации" армии: генералы и офицеры совершают намаз и имеют свою квоту для совершения хаджа. Кроме того, несмотря на подписание мирного договора противостояние с Израилем являлось идеологической основой египетской армии. Достаточно сказать, что главными её достижениями по-прежнему считается "победа" в Суэцком конфликте и на первом этапе войны 1973 г. (прорыв линии Бар-Лева). Однако и этот аспект армейской идеологии оказывался в противоречии с довольно тесными отношениями между Каиром и Тель-Авивом при Мубараке.
Положение Братьев было еще более сложным. Дело в том, что в последние годы режим усилил давление на своего основного политического конкурента. По гостелевидению во время месяца рамадан показывали дискредитирующий движение сериал "Братья". Ключевые бизнесмены из среды Движения были арестованы за финансирование слишком успешной избирательной кампании Братьев. А перед последними выборами режим превентивно "закрыл" всех потенциальных кандидатов Движения. Для прикрытия своих действий режим активно начал разыгрывать тему терроризма. В рождественский период были организованы взрывы в коптских церквях, после чего должны были последовать акции спецслужб в отношении Движения. То есть делалось всё, чтобы объявить Братьев-мусульман вне закона.
Недовольство снижением роли Египта также является основой постреволюционного сотрудничества между армией и Братьями. Во времена Насера Каир был моделью для всех прогрессивных сил в арабском мире. Одновременно он был одним из лидеров Движения неприсоединения. Во времена Садата две супердержавы боролись за Египет. Что же касается последнего периода в его истории, то при Мубараке Египет оказался второстепенным игроком даже по стратегическим для себя вопросам — Судана и Палестины. В этом смысле показательно, что после революции Египет уже добился важного результата, невозможного при Мубараке, — создания палестинского правительства народного единства.
Братья так же, как и военные в период Насера, видят в проекте "Большого Египта" решение региональных проблем. Так развал Судана для Братьев является следствием его отделения от остального Египта. Причем с точки зрения Движения проблему национальных противоречий и контроля над водными ресурсами без восстановления геополитической целостности не решить. Эту позицию разделяет и генералитет: примечательно, что сам Тантави является нубийцем, семейство которого проживало на территории современного Судана. Кроме того, нынешние власти Южного Судана связаны с Израилем, что вызывает большие опасения и у Братьев, и у военных.