Здесь же в храмине, вскоре по освящении Успенской церкви, приснопамятный основатель Скита выбрал себе место для вечного упокоения; святитель сперва не предполагал здесь быть храму; но так как эта храмина была выбрана им местом последнего покоища, то он выразил желание иметь "близость безкровной жертвы", что и было причиной к устройству в подцерковной храмине церкви в честь Гефсиманского моления Спасителя. Страстная седмица почиталась в этом храме особенным образом; иконостас в нем был сделан из дуба с резьбой из черного дерева; святые иконы изображали ряд страданий Христа Спасителя; царские врата были устроены в виде креста; у царских врат на правом столбике была врезана часть камня, с того места, где молился наш Божественный Учитель в Свои предсмертные минуты, в Гефсимании. На аналое лежала икона святого Иоанна и с частицей его честных мощей.
В нижнем храме, как и в верхнем, чувствовалась простота - храм был чужд всяких украшений, нигде не видно было ни золота, ни серебра, вся церковная утварь была деревянная, не исключая и пономарских подсвечников. Приснопамятный святитель радовался этой пустынной простоте. "Простота, как мне кажется, есть надежда Скита. Да сохранит сие Господь".
В 1850 году при Успенской церкви построена была деревянная колокольня. "Радуюсь, что колокольня будет деревянная. Скорее построится и меньше будет неприятности во время работы", - так писал святитель Филарет.
На этой колокольне помещены были боевые часы, вокруг этих часов была надпись: "Кто тя может убежати, смертный час"; в 1873 году построена была каменная при входе в Скит колокольня, на средства П. Г. Цурикова и других благотворителей, на нее были перенесены и часы.
Своей необычайной простотой обращали на себя внимание келлии приснопамятного соорудителя Скита, которые примыкали к Успенской церкви с южной стороны, а с северной находились келлии строителя Скита. С самого основания Скита были построены для Митрополита Филарета келлии: "Малые келлии для меня иметь желаю; нельзя ли привязать их близким и удобным сообщением к Успенской церкви, если другой не будет? Каменную кладку под моими келлиями нельзя ли сделать немного выше, нежели просто для фундамента, и устроить в ней нижнее жилье для келейника, и для приготовления пищи?" и Келлии были устроены для Митрополита Филарета по плану, который он начертал сам и по его вкусу, чтобы "ни дверей, ни полов крашенных не было".
Как келлии были простые, лишенные всяких украшений, так и самая обстановка; мебель келлии составляли простые скамьи, столы были тоже из простого дубового дерева.
В этом, более чем скромном жилище проводил летние месяцы Митрополит Филарет; уединяясь в свою безмолвную обитель, он не переставал и здесь трудиться на пользу Церкви и родной Русской земли.
Сердечно любил он Скит и заботился о нем: "Матерь Господня да исполнит сие обиталище тишиною Сына Своего, и Бога", - писал приснопамятный святитель; любил он скитское богослужение и пение, хотя это пение в первое время основания Скита не могло быть искусным по малочисленности братии, но к такому, не мудрому пению владыка относился тепло и сочувственно, что ясно видно из его письма: "Хорошо, если улучшилось пение в Скиту, но я мирен, и с воспоминанием прежнего слышится: Под кров Твой, Владычице..."
Митрополит Филарет, любя Скит, любил и братию Скита, заботясь о Ските, заботился и о братии. "Мысль моя ходит между ними,- часто говорил владыка о Ските.- В каких монастырях ни бываю, а лучше Гефсиманского скита не нахожу". Обыкновенно он спешил в свой возлюбленный Скит. В этом укромном уголке проводил лето и осень. Здесь, в благоговейной тишине святой обители, неутомимый в трудах святитель не оставался без своих занятий; принимал просителей и занимался делами. У него было все распределено по часам. Гулял он обыкновенно в простом подряснике и камилавке, с белой деревянной палкой.
Последнее пребывание в Скиту Митрополита Филарета в 1867 году было продолжительное, он жил в своей излюбленной обители с мая до октября, и уезжая долго смотрел на скитские церкви и на келлии, как бы чувствуя приближение своей кончины, прощался навсегда с Гефсиманским скитом, а 19 ноября святителя Филарета не стало.
В келлиях почившего святителя в Гефсиманском скиту хранились его священные и келейные одежды, а в древней Успенской церкви, в шкафу под стеклом находились: мантия Митрополита Филарета, посох, митра, омофор, панагия и крест; в них он совершал освящение Успенского храма, а на противоположной стороне тоже в шкафу находились его ряса, подрясник, клобук и четки; скитяне берегли эти предметы, как святыню.