В литературе не указывается, как долго копались пещеры, но подразумевается, что копались они все четыре года жизни Филиппушки на указанном месте, т.е. до 1851-1852 гг. Приходо-расходные книги лавры за 1849-1851 гг. позволяют говорить о том, что Филиппушка копал пещеры до 1849 г. С 1849 по 1851 гг. в пещерах уже работали подряженные лаврой землекопы, плотники, каменщики. Трудом рабочих ископанная Филиппушкой средняя пещера была превращена в благоустроенную часовню, представлявшую собой частично заглубленный в землю бревенчатый сруб, освещавшийся окнами, прорубленными в его верхней выступавшей из земли части и завершенный фигурной кровлей. Отходившие от средней пещеры подземные ходы, прокопанные Филиппушкой, старанием тех же рабочих были превращены в обложенные кирпичом сводчатые подземные коридоры с такими же сводчатыми маленькими пещерками по сторонам. Работы по обустройству пещер, начатые Филиппушкой, были закончены к осени 1851 г. Осенью того же года пещерная часовня была освящена, как пещерный храм во имя Бесплотных Сил.
Строгостью и духом православной ревности славился устав Скита. Пост, постоянная молитва, запрет на празднословие, иноческое уединенное житие - все было направлено к спасению души человеческой. Женщины допускались внутрь скита лишь один раз в год, в день взятия на небо Божией Матери - главной покровительницы этой монашеской обители.
Освящение пещерного храма знаменует окончание первого, начального этапа в истории Черниговского скита. Возникший в 1845 г., как уединенная обитель нескольких отшельников, каждый из которых жил в отдельной келье-пустыньке, в 1851 г., с постройкой храма, скит превратился в монашеское общежитие, - пещерное отделение Гефсиманского скита.
Многие верующие люди искали строгого руководства, как наиболее спасительного пути, и Скит постепенно становится колыбелью московского старчества. Сюда стекаются тысячи верующих за наставлением и советом.
После ухода Филиппушки из Пещер изменилась жизнь пещерной братии. Были выстроены деревянные келлии уже на поверхности земли, и братия перебралась, туда. В Пещеры спускались только на молитву. 27 сентября 1851 г., накануне дня основания Скита - 28 сентября, была освящена в Пещерах церковь во имя Архангела Божия Михаила.
Но Пещеры не остались пустовать. В 1863 году там поселился иеромонах Агапит, будущий иеросхимонах: Александр (t 1882), пришедший из Оптиной пустыни. Он привнес в пещерное братство делание откровения помыслов. Вначале он поступил в пещерную обитель, а затем, с разрешения Митрополита Филарета (к которому всякий раз обращался за советом наместник Лавры архимандрит Антоний), затворился в пещерной келлии и пробыл там 10 лет; вышел же он оттуда лишь по послушанию новому наместнику Лавры Леониду (Кавелину; t 1891).
Иеросхимонах Александр никогда не имел многих учеников 2-3, не более. Но ко всей пещерной братии он прививал дух смирения; учил самоуничижению и скрыванию духовных даров. Так, на вопрос: как живете, батюшка? - он обыкновенно отвечал: "Что мне не жить? Как свиния - наестся, напьется, лежит и хрюкает". Или, однажды, к нему стал проситься для беседы какой-то приезжий интеллигент, видимо, знакомый с различными религиозно-философскими учениями Запада; но келейник о. Александра этих тонкостей не понимал, и ему пришлось сказать, что приезжий "знает много языков".- "Ну, а мы-то с тобой и на одном языке не умеем разговаривать,- отвечал о. Александр,- скажи ему, не принимаю".
Но при действительной нужде в слове утешения и назидания одна беседа старца иеросхимонаха Александра могла удержать человека от самоубийства, как было с одним офицером, который с непонятной настойчивостью требовал приема о. Александра. Когда же этот офицер вышел умиренный, то у входа в келлию келейники нашли написанные на снегу слова: "Господи, помоги мне, я погибаю". И вот, по Промыслу Божию, этот человек был встречен и утешен.
Так постепенно в духовную сокровищницу Гефсиманского скита собирались благодатные плоды духовного делания иноков. В этом делании воспитывали новоначальных. Когда же духовная почва Гефсиманского скита была взрыхлена и удобрена трудами подвизавшихся в нем, то на ней произрос духовный цвет, благоухание которого распространилось на всю Россию. Это был старец-утешитель Варнава.