Фоме Аквинскому Гегель посвящает один абзац, Роджеру Бэкону — две строчки, Сигеру Брабантскому, знаменитому аверроисту, вольнодумцу и еретику, ни слова. Впрочем, ни слова не говорит он и о Мейстере Экхардте, немецком мистике, которым увлекался в молодые годы. Следовательно, дело не в том, что Гегель недостаточно знал средневековую философию, а в том, что она не укладывалась в его схему прогрессивного развития логического мышления. Средние века, как и восточная мудрость, привлекали романтиков, Гегель не разделял их симпатий. Сказывалась также и его, характерная для протестанта, вражда к духовному миру католической религии, безраздельно господствовавшей в эпоху феодализма.
Конец господству католической схоластики кладет Возрождение. Возрождается прежде всего интерес к античной культуре — искусству и философии. Только теперь Европа по-настоящему знакомится с Аристотелем. Самым выдающимся аристотеликом и аверроистом того времени был итальянец Помпонаци. Аверроисты утверждали, что всеобщий, «активный» интеллект имматериален и вечен, а индивидуальная душа смертна. Это учение давно было осуждено церковью, и Помпонаци чудом избежал расправы.
Во Флоренции возникает академия, где изучают Платона и неоплатоников. Сообщая об этом, Гегель умалчивает о важной детали: в средние века неоплатонизм подчас выступал как оболочка вольнодумных идей, направленных против ортодоксального христианского учения о персонифицированном боге-творце: теория эманации сближала бога и природу, подготавливала почву для их полного слияния, для пантеизма.
Впрочем, разбирая взгляды Джордано Бруно, которому он уделяет большое внимание, Гегель фактически это признает. «Великому воодушевлению, которым горела его душа, — пишет Гегель о Бруно, — он жертвовал своим благополучием. Это воодушевление не давало ему жить спокойно. Скажут сразу: это была беспокойная голова, человек, который не мог уживаться с людьми; но откуда у него такое беспокойство? Он не мог уживаться с конечным, дурным, пошлым, отсюда его беспокойство. Он поднялся до сознания всеобщей субстанциальности и устранил то разлучение самосознания с природой, которое одинаково уничтожает обоих». Две идеи Бруно особенно близки Гегелю: идея единства противоположностей и попытка понять вселенную в ее развитии. За последнее Бруно заплатил жизнью.
Средневековая философия отрывала мир мысли от мира реального существования. Философия нового времени ищет пути их слияния. Дух и природа, мышление и бытие — такова основная противоположность, и философия распадается на две формы ее разрешения, реалистическую и идеалистическую. Реализм выводит содержание мысли из восприятия, из физической природы, идеализм исходит из самостоятельности мышления. Здесь Гегель подошел к постановке основного вопроса философии; то, что он неточно характеризует как «реализм», есть материализм. Бэкон и Бёме, родоначальники новой философии, противостоят друг другу как две первые попытки подойти к решению проблемы духа и природы с противоположных позиций.
Фрэнсис Бэкон — родоначальник опытных наук. Их требованиям Бэкон и подчинил свою философию. Впервые в истории он всесторонне разработал индуктивный (то есть идущий от частных фактов к обобщениям) метод познания. Обоснованию этого метода посвящено основное произведение философа — «Новый органон». Здесь содержится анализ деятельности человеческого интеллекта и критика ложных понятий, препятствующих опытному знанию. Четыре группы ложных идей и предрассудков — «идолов», как их называет Бэкон, — мешают познанию. Во-первых, это «идолы рода», коренящиеся в ограниченности человеческого ума и несовершенстве органов чувств. Ум человека Бэкон сравнивает с неровным зеркалом, которое примешивает к изображению свои дефекты. Во-вторых, это «идолы пещеры», то есть особенности отдельных людей, которые в силу воспитания по-своему, как бы из пещеры, наблюдают вещи. В-третьих, это «идолы рынка», то есть ошибки познания, вызванные двусмысленностью слов, употребляемых учеными и толпой. Наконец, познанию мешают «идолы театра», то есть слепая вера в авторитеты, в каноны, в идеалистические догмы. Чтобы освободиться от «идолов», нужно исходить только из опыта, из непосредственного исследования природы.