Гейзенберг упоминал об этой неоднозначной ситуации в конце 1947 года, когда написал бумагу в защиту осужденного на Нюрнбергском процессе Эрнста фон Вайцзеккера, который был отцом его товарища. Некоторые свои идеи Гейзенберг прояснил и в рукописи, опубликованной уже после его смерти. Он писал, что немцы нееврейского происхождения, выступавшие против нацизма, должны были сделать выбор между двумя видами оппозиции – активной и пассивной. Пассивная оппозиция означала эмиграцию или отказ от всякой ответственности. Оба этих варианта были для ученого равносильны дезертирству. Активная оппозиция означала прямое противодействие, в том числе вооруженное сопротивление. Однако подобные действия также были обречены на провал. Выбором Гейзенберга стало получение определенного влияния: «Важно прояснить, что это, по сути, был единственный путь, который позволял что-то по- настоящему изменить». Жизнь ученого превратилась в череду ежедневных этических конфликтов и компромиссов с режимом, направленных на то, чтобы «что-то по-настоящему изменить». Для многих его коллег и друзей за границей действия Гейзенберга были равнозначны открытому сотрудничеству с нацистами.
В 1920-е годы Филипп фон Ленард и Йоханнес Штарк начали кампанию против евреев в науке. Их основной мишенью стали Эйнштейн и теория относительности. Напомним, что для крайне правых сил Германии перемирие 1918 года было предательством со стороны политических элит, в частности евреев. Эйнштейн же был не только евреем, но и пацифистом, который отказался подписать манифест 1914 года. Кроме того, он публично выступал с критикой нацизма. Когда в 1933 году антисемитизм стал официальной идеологией, Ленард и Штарк захотели установить в Германии немецкую физику, свободную от какого бы то ни было еврейского влияния. Большинство ученых не последовало за ними, так как считало, что любые дискуссии физиков должны проходить исключительно в научной сфере, однако публично выступить против Ленарда и Штарка осмеливались немногие.