Йон также выступил по восточногерманскому радио, где дал дополнительные объяснения своему бегству в Восточный Берлин: «В Кёльне я подвергался постоянным нападкам со стороны бывших нацистов, которые приобретают все большее влияние как в общественной жизни, так и органах власти ФРГ. Я не могу доверять тем людям, чью лояльность Федеративной Республике Германии и конституции я ставлю под сомнение. Все это сделало невозможным мое дальнейшее пребывание во вверенной мне должности».
Йон еще три недели оставался в Восточном Берлине под зорким оком органов госбезопасности ГДР, после чего вылетел на отдых в Крым. Оттуда он вернулся в Москву и, наконец, в декабре, в Восточный Берлин. По его словам, он все это время готовил побег.
В Восточном Берлине ему разрешили посетить пресс-клуб, где он встретил Хенрика Бонде Хендриксена, датского журналиста, знакомого ему еще по Западной Германии. Йон излил ему душу, и 6 декабря журналист устроил ему побег. Хендри ксен перевез Йона в своей машине через границу в Западный Берлин. Там Йон был немедленно арестован и доставлен в Бонн. Позднее его перевели в тюрьму в Пфорцгейме. Йон провел под следствием восемь месяцев. Ему было предъявлено обвинение в государственной измене, и 22 ноября 1956 года он предстал перед правосудием ФРГ.
Во время процесса Йон настаивал, что его похищение организовал Вольгемут, который насильно и переправил его в Восточный Берлин. Он не отрицал, что сделал там ряд заявлений, добавив, однако, что у него не было иного выбора, если хотел вновь обрести свободу и подготовить свой побег. Вот это и есть история доктора Йона. Основным свидетелем на процессе значился Вольгемут. Однако он направил суду из Восточного Берлина письмо, в котором приносил извинения за невозможность своего присутствия на процессе. Он также присовокупил письменное свидетельство, в котором говорилось, будто сам Йон поделился с ним своим намерением бежать на Восток, а в тот вечер попросил его как старого друга помочь ему пересечь границу. Вольгемут не отрицал своих контактов с восточногерманскими властями. Более того, он проживал в Восточном Берлине, хотя имел врачебную практику и в Западном. Суд признал Йона виновным, приговорив его к четырем годам лишения свободы. Его выпустили через два с половиной года, причем ему зачли те восемь месяцев, которые он провел в заключении, находясь под следствием. Оказавшись на свободе, Йон начал борьбу за восстановление своего доброго имени. Летом 1971 года один из главных свидетелей обвинения предстал перед судом за дачу ложных показаний — спустя целых шестнадцать лет!
В 1968 году Йон написал книгу, в которой подробно изложил события тех дней. Между прочим, в ней он утверждает, что вся эта история — дело рук британского агента Кима Филби. Во время войны Йон снабжал британскую разведку секретной информацией. Делалось это через Мадрид — Филби в ту пору возглавлял Пиренейский отдел британской разведки. Попав в Лондон, Йон обнаружил, что Филби положил кое-какие из его донесений под сукно, скрыв их от своего начальства. В частности, так он поступил с планами антигитлеровского заговора, которые, случись им осуществиться, наверняка бы повлекли за собой сепаратный мир с Западом, что, в свою очередь, могло привести к заключению антисоветского пакта между Германией с одной стороны и англичанами и американцами с другой. А это Филби наверняка воспринимал как угрозу Советскому Союзу. Именно из этих соображений он пытался воспрепятствовать взаимопониманию между антигитлеровскими силами внутри Германии и Западом. Лишь после того, как Филби был разоблачен, Йону стала ясна та двойственная роль, которую он играл в 1943—44 годах, будучи одновременно представителем британской разведки и советским агентом. Но до этого истинное лицо Филби еще не было известно, и, как пишет сам Йон, в Восточном Берлине ему постоянно задавали вопросы насчет Филби и его работы в британской разведке. Следует, однако, отметить, что после бегства Гая Берджесса и Дональда Маклина Филби был уволен из рядов «Сикрет Интеллидженс Сервис». У Йона сложилось впечатление, будто русские не до конца доверяют Филби. Впоследствии Йон объяснял свое похищение именно контактами с Филби в военное время. По словам профессора Тревора Роупера, в подобного рода утверждениях есть изрядная доля истины.