Гелен надеялся, что удастся сохранить как можно больше «ягдкоммандо», бывших власовских отрядов, банд украинских националистов и разного рода диверсионных групп и группок, разбросанных в тылу у наступающей Советской армии. Разумеется, Гелен понимал, что шансы на успех у них мизерные, но, даже если хотя бы кому-то из них удастся избежать разоблачения и приемники и радиопередатчики останутся у них в руках, оставалась надежда, что по окончании военных действий с ними можно будет восстановить контакт. Что ж, надежды на это оказались не такими уж несбыточными. В 1946 году, когда Гелен создал свою «Организацию», ему удалось «реанимировать» кое-кого из своих бывших агентов на территории Восточной Германии, Польши и Чехословакии, а также установить контакт с іруппами украинских националистов. В самом начале, когда он еще не мог вербовать, готовить и засылать своих новых секретных агентов, радиосеть составляла основу его ведомства. Неудивительно, что в последующие недели Гелен изо всех сил старался обнаружить и сохранить этих людей, тем более что теперь над ними нависла смертельная опасность. Наибольшую ценность, конечно, представляли закаленные в боях бойцы «ягдкоммандо» — именно им Гелен отводил в будущем особую роль.
Группа Шерхорна
Гелена особенно беспокоила судьба одной большой группы «диверсантов», которая летом 1944 года действовала между Минском и Могилевом. Возглавлял ее полковник Шерхорн, и первоначально в ней насчитывалось 250 человек. В тот период их главная задача заключалась в уничтожении советских партизанских отрядов, которые не давали покоя отступающей германской армии и на многих участках проникли за линию фронта.
1 апреля 1944 года ОКВ издало брошюру, озаглавленную «Военные действия против бандформирований», в которой описывались наиболее эффективные методы борьбы с партизанами. Вермахт, и в большей степени находившиеся в ведении РСХА «ягдкоммандо», взялись искоренять партизанское движение. Полковник Артур Кэмпбелл в своей книге на эту тему, в частности, пишет, что на совести этих немецких частей около двух миллионов замученных в тылу беззащитных мужчин и женщин… Но даже эти методы были обречены на провал, так как психологическая битва уже была проиграна; в самых главных аспектах партизанского движения русские теснили немцев на каждом шагу.
Советские партизаны мстили немцам тем, что вели войну без всяких правил. Попавших в плен пытали и расстреливали. Рассказы об их зверствах распространялись среди немцев с небывалой скоростью, что приводило к ответным действиям, столь же бессмысленным в своей жестокости. Зло воспроизводило себя, всякий раз все в большем масштабе.
Когда армии Жукова и Рокоссовского освободили районы, в которых действовал отряд Шерхорна, остатки немецких боевых подразделений присоединились к «ягдкомамидо» (карательные отряды). Число солдат под началом Шерхорна выросло почти до двух тысяч, но вскоре все они оказались полностью отрезаны от других частей немецкой армии. Гелен использовал Шерхорна для получения сведений об обстановке в советском тылу и в течение нескольких месяцев поддерживал с его отрядом радиосвязь, несмотря на то что отряд постоянно менял свою диспозицию. Гелен наверняка чувствовал личную ответственность за судьбу этих солдат, которые то и дело предпринимали, к сожалению, безрезультатно, попытки прорваться к своим, чтобы дальше отступать уже вместе с армией генерала Готтхарда Хейнрици. Гелен пытался давать Шерхорну инструкции через голову РСХА. Он также попросил начальника разведки в штабе группы армий «Центр», полковника Ганса Генриха Воргицки, чтобы тот взял на себя обеспечение отряда Шерхорна продовольствием и боеприпасами зимой 1944/45 года. Регистрационный журнал «Операция «Шерхорн» содержит огромное количество записей о сеансах радиосвязи — вплоть до марта 1945 года. К тому времени положение отряда стало безнадежным.
После нескольких обращений в РСХА Гелен 15 марта встретился со Скорцени. Он попросил обратить внимание Гиммлера на бедственное положение отряда Шерхорна. К тому времени рейхсфюрер СС был назначен командующим группы армий «Висла» — это была фикция чистой воды, поскольку армии этой как таковой не существовало. Верхушка СС с недовольством отнеслась к вмешательству Гелена; результат встречи был таков: Скорцени сказал Гелену, что «РСХА полностью взяло в свои руки контроль за операциями отряда Шерхорна». По телетайпу Гелену пришло распоряжение, отправленное из штаба «Цеппелина» за № 030416, предписывающее прекратить всякие радиоконтакты с Шерхорном. При этом подчеркивалось, что отныне вся радиосвязь будет осуществляться через радиоустановку РСХА в: городке Тутов в Мекленбурге. Гелен также получил приказ прекратить всякие контакты с карательным отрядом «Ренн-штреке», который, по словам Скорцени, «проводил успешные операции».