Профессор Я. Г. Этингер в поле зрения госбезопасности попал еще в 1944 году, регулярно посещая ЕАК, где читал поступавшие туда иностранные еврейские издания и выступал в поддержку проекта создания еврейской республики в Крыму. В результате осенью 1949 года его отстранили от руководства кафедрой во 2-м ММИ и уволили.
В «разработку» органов он попал после того, как на допросе (22 апреля 1949 г.) на него показал арестованный ответственный секретарь ЕАК Фефер.
Последний рассказал о том, что «Этингер весьма недоволен тем, что Советский Союз не оказывает помощи государству Израиль, и обвинял советское правительство в том, что оно ведет якобы враждебную политику в отношении евреев».
После такого заявления оперативники из контрразведки МГБ установили в квартире профессора подслушивающие устройства и записали одну из бесед с приемным сыном Яковом, студентом МГУ, а затем и разговор между Этингером и профессором Збарским.
B.C. Абакумов доложил Сталину об этих «антисоветских» диалогах.
Как пишет Г. В. Костырченко, «вопрос об аресте Этингера руководство МГБ ставило перед Кремлем неоднократно: сначала в ноябре 1949-го, потом в апреле 1950-го. Однако Сталин удовлетворил просьбу Абакумова только незадолго до 18 ноября 1950 г., когда Этингера, собственно, и взяли под стражу. Препровожденному на Лубянку профессору предъявили обвинения в «клеветнических измышлениях» в адрес Щербакова и Маленкова, которых он, по «оперативным данным», считал главными вдохновителями и организаторами политики государственного антисемитизма в стране. Месяцем ранее взяли под стражу пасынка профессора Я. Г. Этингера (Ситермана), от которого потребовали дать показания против приемного отца. А 16 июля 1951 г. в тюрьму МГБ доставили жену Я. Г. Этингера Р. К. Викторову, которую заставили подтвердить, что ее муж и сын регулярно слушали антисоветские радиопередачи Биби-си и «Голос Америки»».
В самом начале следствия Этингера обвиняли в буржуазном национализме и только. Профессор категорически отрицал это и настаивал на абсолютной правомерности своих разговоров о притеснении евреев в СССР. Дело Этингера вел старший следователь по особо важным делам следственной части МГБ подполковник Рюмин.
При первой встрече он сказал арестованному:
— Вы арестованы за распространение враждебности к Советской власти. Вы признаете себя виновным в этом?
— Нет. Я не признаю этого, поскольку не занимался ничем подобным, — ответил ему Этингер.
5 января 1951 г. упрямого профессора перевели в Лефортовскую тюрьму и посадили в холодную камеру. Ему запретили давать книги, пользоваться ларьком и совершать прогулки.
Позднее, находясь под следствием, Виктор Семенович рассказывал следователю: «Говорите правду, не кривите душой, — предложил я Этингеру. На поставленные мною вопросы он сразу же ответил, что его арестовали напрасно, что евреев у нас притесняют. Когда я стал нажимать на него, Этингер сказал, что он честный человек, лечил ответственных людей. Назвал фамилию Селивановского — моего заместителя, а затем Щербакова.
Тогда я заявил ему, что ему придется рассказать, как он залечил Щербакова. Тут он стал обстоятельно доказывать, что Щербаков был очень больным, обреченным человеком.
В процессе допроса я понял, что ничего, совершенно ничего, связанного с террором, здесь нет.
А дальше мне докладывали, что чего-то нового, заслуживающего внимания, Этингер не дает».
Поэтому министр госбезопасности приказал следователю прекратить расследование, но Рюмин вместо этого продолжал допрашивать профессора, заставляя часами стоять на ногах без сна…
Рассказывает Яков Этингер: «Но вернемся в конец 1950-го, когда был арестован мой отец. Его дело вел один из самых страшных сталинских палачей, старший следователь по особо важным делам подполковник М. Д. Рюмин. На первом же допросе 20 ноября 1950 года он обвинил Этингера во «вредительском лечении» начальника Главного политического управления Красной Армии Александра Сергеевича Щербакова. Добиваясь «признаний», Рюмин жестоко избивал и пытал отца.
Иногда в допросах принимал участие министр госбезопасности Абакумов. В декабре 1950 года он пришел к выводу, что фактов преступного лечения со стороны Этингера не было, и в январе 1951-го дал указание «прекратить работу с Я. Г. Этингером», ограничившись обвинением в «антисоветской деятельности» и «антисталинских настроениях». Тем не менее Рюмин продолжал добиваться «признаний» своими методами. А ведь отец был тяжело болен: как следует из материалов дела за время следствия у Этингера случилось 29 сердечных приступов. «Каждый последующий приступ грудной жабы, — говорилось в справке медчасти Лефортовской тюрьмы, — может привести к неблагоприятному исходу». 2 марта 1951 года, вернувшись после очередного допроса в камеру, отец, как говорится в метериалах дела, «подошел к столу, откусил кусочек хлеба, сделал несколько шагов по направлению к двери и в бессознательном состоянии упал». Смерть наступила от паралича сердца.