В этой связи уместно также отметить отношение генерала к разведывательной и контрразведывательной работам, роль которых в годы войны существенно возросла. По довольно категоричному мнению одного из основателей отечественной контрразведки генерал-майора Н.С. Батюшина, Алексеев не придавал должного значения работе спецслужб при штабах и на фронте. «В самой Ставке Верховного Главнокомандующего, — отмечал Батюшин, — настолько не придают значения делу тайной разведки, что даже не формируют особого разведывательного отделения для общего руководства этим нелегким делом в армиях и для постановки очередных задач Главному управлению Генерального штаба. Этим же обстоятельством надлежит объяснить и полное игнорирование Ставкой радиотелеграфной разведки, когда дело это было поставлено в подчиненном ей флоте, откуда и можно было бы “пересадить” его в сухопутную армию… Ставка Верховного Главнокомандующего обращала на контрразведку столько же внимания, сколько и на тайную разведку, то есть предоставила им обеим работать по их собственному усмотрению, без общего руководства. Между тем война изъяла контрразведывательные отделения штабов армий и военных округов на театре военных действий из подчинения Главного управления Генерального штаба, предоставив наблюдение за их работой штабам фронтов и отдельных армий… Только 6 июня 1915 года Верховный Главнокомандующий утвердил новое “Наставление по контрразведке в военное время”. Таким образом, почти весь первый год войны контрразведкой никто из высших военных органов не интересовался совсем, и потому она велась бессистемно, чтобы не сказать — спустя рукава».
Особое раздражение у Батюшина вызывало безграничное доверие, которым пользовался в Ставке Лемке. Батюшин отмечал, что Лемке «совершенно откровенно говорит о том, как он использовал доверчивость и халатность чинов Ставки — до генерала Алексеева включительно — чтобы похищать секретные военные документы. Он копировал их почти что на глазах у всех и ежедневно в казенных пакетах отправлял их в Петроград с фельдъегерями». Когда же Лемке заподозрили в чрезмерном внимании к военным сведениям, то ему удалось представить свое положение как жертвы «жандармской слежки» и, «базируясь на безграничном к нему доверии генералов Алексеева и Пустовойтенко», обеспечить свою неприкосновенность. «Алексеев, — писал в своем дневнике Лемке, — был вообще возмущен работой жандармов; говорил, что они пересадили в контрразведку политический сыск, совершенно не способны отказаться от него и даже провоцируют, считая это лучшим способом уловления». С большим трудом, не без содействия дворцового коменданта В.Н. Воейкова, Батюшину удалось добиться перевода Лемке из Ставки (2 июня 1916 г.) в ГУГШ.
Как можно заметить, Алексеев, при характерных для него подозрительности и беспокойстве, не доверял работе разведки в борьбе с «внутренними врагами». Здесь играла роль очевидная неприязнь военного цензора вообще к «жандармерии» и «политическому сыску». Думается, однако, что Батюшин несколько преувеличивает степень того влияния, которым пользовался Лемке в Ставке. Ведь непосредственного доступа к секретным картам и схемам этот офицер не имел, а та информация, которую он получал, не имела систематизированного характера. Лемке, но собственному признанию, пользовался несовершенством распорядка дня в Ставке. Зная, что во время завтраков управление генерал-квартирмейстера пустеет, «кроме дежурного по аппаратной внизу», он мог «сделать, что хочешь, со всем, что не заперто». Ему, несомненно, удавалось копировать многие документы, а также собирать разнообразные, подчас противоречивые, слухи, делая на основании их выводы, тщательно заносимые в дневник. Этот дневник можно считать вполне достоверным историческим источником о жизни Ставки в 1915—1916 гг.