Алексеев вернулся к ставшему уже привычным для него рабочему ритму. Ему и его приехавшей в Новочеркасск семье удалось поселиться в пустовавшей купеческой конторе, где в передней разместились канцелярия и приемная. В соседних комнатах жили адъютант Шапрон и двоюродный брат дочери Клавдии — доктор Н.Н. Кельин, наблюдавший за здоровьем генерала. Из бывшего склада после перепланировок были сделаны комнаты, где жили жена и дети. Вместо вагонного куне с тускло горящими свечами появилась собственная комната и у генерала. Ему снова приходилось работать по 18 часов в сутки, бывали и бессонные ночи. Но Михаил Васильевич себя уже не щадил. «Последнее дело» его жизни требовало полной самоотдачи. Дважды на генерала готовились покушения, и только смелость его адъютанта и юнкерского конвоя спасала ему жизнь.
Не оставляя надежд на укрепление Юго-Восточного союза, Алексеев дважды приезжал в Екатеринодар, предполагая встретиться с кубанским атаманом полковником А.П. Филимоновым. Кроме того, но поручению Алексеева с секретной миссией в столицу Кубани ездили генерал Лукомский и известная разведчица-доброволец Зинаида Готгард. 23 ноября состоялась его встреча с атаманом, и вечером того же дня генерал участвовал в заседании Кубанского войскового правительства под председательством И.Л. Макаренко. В сохранившихся тезисах отмечалась необходимость «единения» по всем вопросам гражданского управления «Союза», организации военных сил на территории «Союза» — не только казачьих, но и других — охраны железных дорог и наблюдения за «революционными» частями стихийно демобилизующегося Кавказского фронта.
В январе 1918 г. пришли известия с Терека, где также шла подготовка контрреволюционных сил. В начале января 1918 г. генерал Корнилов совещался с председателем Терского войскового круга П.Д. Губаревым. После этой встречи командующий Добрармии обратился к Алексееву с письмом, в котором предлагал оказать «содействие Войсковому Правительству Терского Казачьего Войска в восстановлении порядка на территории Области», а также оказать финансовую поддержку формирующимся в Пятигорске добровольческим частям. Алексеев поддержал предложения Корнилова и в письме от 19 января согласился помочь терцам и из скудных средств Добрармии «взять на содержание» подразделения в Пятигорске, «если только эти части, по выполнении задач на Тереке, перейдут безусловно в состав Добровольческой армии».
В середине января 1918 г. штаб Добрармии переместился из Новочеркасска в Ростов-на-Дону. Здесь, в отличие от вагонов на запасных путях и переоборудованных складов, командование получило в свое полное распоряжение особняк главы Донского экономического совета Парамонова на Пушкинской улице. У Алексеева появился личный кабинет, а его сотрудники занимали несколько комнат. После окончательной «легализации» армии потребность в «штатском платье» для генерала и его соратников отпала. Теперь он ходил в теплом офицерском пальто мирного времени с золотыми погонами генерал-адъютанта. Проблем с размещением не было, однако политическое положение оставалось неустойчивым: теперь при провозглашении тех или иных лозунгов и деклараций следовало учитывать сложившуюся практику создания коалиций на основе «паритета казачьего и иногороднего населения». Что касается настроений в армии, то входившие в ее состав консерваторы-монархисты, офицеры гвардейских полков, поддерживаемые Алексеевым, пока не заявляли открыто своих идеалов. Не замечалось среди добровольцев и горячих симпатий к «Российской свободной республике».
Но политические контакты с представителями местной власти и «демократической общественности» следовало поддерживать, и 18 января 1918 г. Алексеев принял приглашение на участие в заседании Донского объединенного правительства в Новочеркасске. Генерал без колебаний отвечал на весьма настойчивые вопросы, задаваемые членами правительства — «социалистами», подчас с провокационным подтекстом.