После вступления на престол новый государь не хотел видеть многих из заговорщиков. Среди них оказался и Беннигсен, посланный в Вильно на должность военного губернатора. Здесь он жил в своем подгородном имении Закрет, получившем известность с началом войны 1812 года. В 1802 году Беннигсен стал полным генералом (генералом от кавалерии), а в 1806 году, ранее никогда не командуя армией, оказа.1ся главнокомандующим. Надо признать, что Беннигсен обладал огромным боевым опытом, отличался хладнокровием и храбростью в бою и был известен как особо осмотрительный и чересчур расчетливый военачальник. Он принадлежал к числу типичных европейских наемников. Отменно зная бранное и строевое дело, он слабо представлял себе реальную жизнь солдат и офицеров, был всегда далек от повседневных нужд армии, никогда не вникал в подробности существования своих людей. От этого в войсках, которыми он командова/i, часто бывал беспорядок, солдаты голодали, в тылу процветало воровство. Прослужив в русской армии больше четырех десятилетий, Беннигсен почти не знал русского языка и никогда не слыл любимцем солдат. Не любили его и большинство генералов. Некоторые из них (например, Буксгевден и Барклай де Толли) его даже яростно ненавидели и сохранили эту ненависть до конца своей жизни. Внешне спокойный, холодный, флегматичный, Беннигсен был чрезвычайно высокого мнения о своих дарованиях, отличался злопамятностью, слыл в обществе интриганом и доносчиком. Несмотря на свои военные способности, он так и не сделал блестящей карьеры, а главное — не стал фельдмаршалом, хотя на этот высокий чин не без оснований претендовал. В 1818 году Беннигсен уволился из русской армии и в 1826 году умер в своей усадьбе в Ганновере.
Некоторые исследователи считают, что Беннигсен в той нервной ситуации под Пултуском умышленно дразнил и раздражал Каменского, чтобы вызвать гнев и неуверенность неуравновешенного старика и тем самым подтолкнуть его к отставке. Как бы то ни было, самовольно, как некогда сам Каменский, став главнокомандующим, Беннигсен не ограничивался только отступлением и пассивной обороной, но активно руководил движениями армии, был деятелен в последовавших потом сражениях с французами, почти никогда не выпускал нитей командования из своих рук, следил за всеми изменениями обстановки и вносил необходимые поправки в действия своих войск. А обстановка менялась довольно быстро. Французы, появившиеся у русских позиций в десять часов утра 14 декабря, сразу же атаковали наши дивизии по всему фронту — их колонны ударили в центр, где стояли Остерман и Сакен, и одновременно нанесли удар как по правому краю (Барклай де Толли), так и по левому, где русскими полками командовал генерал Багговут, прикрывавший город Пултуск. Здесь натиск французских дивизий оказался особенно сильным, и Беннигсен был вынужден перебросить на участок Багговута гвардейских кирасир и драгун, которые довольно успешно атаковали с фланга колонну Суше и смяли ее. Подошедшая пехота закрепила успех конницы — французы так и не смогли продвинуться к самому городу. Зато удар колонны Ланна на правом русском фланге (против Барклая) был более успешен — французы оттеснили русские полки с их позиций и, возможно, могли бы их и опрокинуть, реши в тем самым исход битвы, но Беннигсен, зорко следивший за обстановкой, перебросил часть полков из центра. Они-то и сдержали натиск французов. Удачно действовала в тот день и русская артиллерия — некоторые предприимчивые артиллерийские начальники сумели вытащить часть пушек из грязи и пустить их в дело. Почувствовав, что Ланн уже не может усилить натиск на позиции русских, Беннигсен сам решился на контратаку: он приказал армии идти на неприятеля и для этого ввел в дело все свои резервы. Французам с трудом удалось удержать наступление русских колонн. В сгущавшихся сумерках французские полки отошли, как говорится, не солоно хлебавши. Уже только одно это было воспринято в русском лагере как безусловная победа — наша армия осталась на своих позициях, не была сбита с них, не побежала, как совсем недавно это сделали пруссаки! Из донесения Беннигсена известно, что его солдаты пленили 700 французов. Словом, сражение под Пултуском было признано победным, о чем и сообщили в Петербург. Вскоре, правда, Беннигсен узнал о подходе к Ланну подкреплений и все-таки отошел с позиций под Пултуском к Остроленке. Французы беспрепятственно заняли эти позиции и, в свою очередь, также сообщили в Париж о победе.