Багратион оставался в отпуске, точнее — в опале, до августа 1811 года, когда получил указ императора принять главное командование над Подольской (позже — 2-й Западной) армией. Первоначально она предназначалась Н. М. Каменскому 2-му и еще формировалась из нескольких дивизий Молдавской армии. 19 августа Багратион писал императору Александру, что получил указ о назначении в армию, но «к крайнему прискорбию моему простудная лихорадка не позволила мне тотчас отправиться к месту, мне высочайше назначенному. При всей слабости здоровья моего прибыл я, однако же, в Москву и непременно по отдохновении выеду отсюда чрез пять дней в Житомир»17. Этот город был назван местом размещения Главной квартиры Подольской армии. Туда Багратион прибыл 8 сентября, тотчас вступил в командование армией и уже по дороге начал инспектировать как крепость и арсеналы Киева, так и размещенные в разных городах полки своей армии. Начальник артиллерии формирующейся армии генерал И. К. Сивере получил приказ Багратиона сообщить, «в каком состоянии находится подведомственная» ему артиллерия: «Нет ли недостатка в людях и, на случай какого движения, в лошадях? комплектны ли у всех снаряды и прочие припасы? исправны ли всех калибров орудия? где находятся запасные парки? каковы они и другие части, принадлежащие команде вашей, и от которого числа ваше превосходительство производили им последний смотр» Тогда же Багратион начинает размещать вдоль границы присланные к нему казачьи полки.
Почти сразу же Багратион стал получать от военного министра Барклая де Толли приказы вести всеми доступными средствами разведку за границей, в Варшавском герцогстве и австрийских пределах, с целью «узнать, что происходит в Галиции и Варшавском герцогстве» 1. 12 сентября 1811 года Багратион писал Барклаю, что ему необходимо «в сомнительные места для тайного разведывания делать посылки под иным каким предлогом достойных доверенности и надежных людей» и что для этого нужно прислать «несколько бланков паспортов за подписанием государственного канцлера, дабы тем единым удалить могущее пасть подозрение»19. Пожалуй, никогда прежде союзные (пусть даже формально) державы не вели такой мощной и разнообразной разведывательной кампании друг против друга (опять же невольно напрашивается сравнение с ситуацией накануне 22 июня 1941 года). Русские и французы собирали сведения о намерениях, силах, дислокации войск будущего противника, засылали шпионов на территории, прилегающие к русско-французской границе. О неожиданном наплыве в Несвиж ряженых комедиантов, фокусников, странствующих монахов пишет побывавший там Радожицкий, ему вторят и другие мемуаристы, сообщая о появлении странных савояров, просвещенных путешественников, любителей приграничных красот, устремившихся почему-то к местам расположения русских армий. Сходные явления по другую сторону границы замечали французские и польские контрразведчики.
Багратион довольно быстро сумел наладить целую систему шпионажа за тем, что происходило за ближайшей к нему границей, но стремился перепроверять полученные сведения. Так, 4 ноября 1811 года он писал военному министру: «Частые очень известия, доходившие ко мне о движении войск австрийских, и прибытие некоторых из них к Кракову были поводом желания моего удостовериться в сих случаях…», а далее сообщал о результатах проверки первоначальных сообщений об активности австрийской стороны. В штабе Багратиона сосредоточиваются сведения, которые он получает от пограничной стражи, таможенных и почтовых служащих; приходят к нему и материалы перлюстрации почты, идущей через границу. 22 ноября Багратион дает подробный отчет о поездке своего агента, некоего Экстона, художника, «знающего европейские языки». Багратион характеризовал его как человека способного, имевшего связи «со многими людьми хорошего состояния, могущего находить многие знакомства через искусство в живописи портретов», естественно, «по достаточном снабжении его деньгами». Экстон был послан в Варшавское герцогство наблюдать за движением неприятельских войск к границам, разведывать «политическое поведение княжества Варшавского, его запасы, число войск, состояние княжества и народное, в отношении финансов, управление».