Кроме родных, во время болезни Брусилова посещали представители различных политических сил, которые предлагали ему эмигрировать с семьей в Польшу или в Италию, а также другую помощь. Безусловно, эти предложения были не бескорыстными. В стране разгоралось пламя Гражданской войны, и политики различных мастей сильно нуждались в присутствии рядом с ними значимых военных авторитетов на случай перехода к силовым действиям. Брусилов, безусловно, был одним из таких авторитетов.
В июле 1918 года Брусилов покинул клинику и вернулся в свою квартиру. Некоторое время он жил там вместе с женой, ее сестрой и братом на небольшие сбережения и драгоценности Надежды Владимировны. Об этих месяцах Брусилов вспоминал: «Одно время, под влиянием больших семейных переживаний и уговоров друзей, я склонялся к отъезду на Украину и затем за границу, но эти колебания были непродолжительны. Я быстро вернулся к моим глубоко засевшим в душе убеждениям… Это тяжко, конечно, но иначе поступить я не мог, хотя бы это стоило жизни. Скитаться же за границей в роли эмигранта не считал и не считаю для себя возможным и достойным».
А. А. Брусилов, Н. В. Желиховская и Р. Н. Яхонтов в Ставке, 1917 г.
Гражданская война в России набирала все большие обороты. 18 июля началось восстание казаков на Тереке, 22 июля чехи взяли Симбирск, и части Добровольческой армии вошли в Ставрополь. 25 июля под ударами белых войск пал Екатеринбург. В начале августа красные отряды в Забайкалье оставили Верхнеудинск и Читу. 7 августа белые части занимают Казань, захватив там значительную часть золотого запаса России. Против большевиков вспыхивает восстание рабочих на Северном Урале, части Добровольческой армии начинают осаду Царицына
Большевикам всюду мерещились заговоры. И вскоре ВЧК перехватила письмо Локкарта, в котором тот, в частности, сообщал о планах сделать Брусилова белым вождем. 12 августа Алексей Алексеевич был арестован.
Звонок раздался в полночь, и Ростислав Яхонтов пошел открывать дверь. В квартиру вошло несколько человек, предъявивших ордер на арест Брусилова и обыск его квартиры. Алексея Алексеевича тут же увели, прихватив вместе с ним за компанию, как бывшего военного, и Яхонтова. Обыск квартиры продолжался 6 часов. Были изъяты все бумаги и конфискована шашка генерала, украшенная бриллиантами. Другое его имущество: генерал-адъютантские погоны, аксельбанты и даже кавалерийские седла – было сложено в большой деревянный ящик и опечатано.
После ареста Брусилова и Яхонтова доставили на Лубянку. Допросив, их отвезли в Кремль, где была устроена гауптвахта. Там к тому времени уже под арестом была собрана довольно пестрая компания, в которую, в частности, входила и эсерка Мария Спиридонова. Вскоре в нее был включен и английский дипломат Р. Локкарт.
Брусилов и Яхонтов, насколько это было возможно, старались держаться в стороне от прочих арестованных. Алексей Алексеевич хорошо понимал, что в столь неспокойное время крайне важно выдержать определенную паузу в своих симпатиях и антипатиях, тем более находясь в застенках. В своих записках он как мог утешал жену. «Сидим на гауптвахте в Кремле, – писал он в одной из них. – Пожалуйста, будь спокойна и не огорчайся. Ты хорошо знаешь, что ни я, ни Ростя ни в чем перед правительством не провинились, а потому спокойно ждем решения».
Вначале к Брусилову не допускали даже врача, несмотря на то что рана вновь открылась. Но Надежда Владимировна энергично хлопотала за мужа, и в конце концов она получила разрешение ежедневно приходить к нему с пропуском, подписанным Дзержинским, и приносить передачи.
Вскоре Яхонтова освободили. После этого Брусилову удалось передать письмо Ф. Э. Дзержинскому, в котором он писал, что не принадлежит ни к какой партии, ничего не замышлял против советской власти, и просил объяснить причину его ареста. Дзержинский посетил арестованного и дал понять, что его напрямую ни в чем не обвиняют, но вынуждены продержать некоторое время под стражей в связи с происходящими в Москве событиями.
Арест Брусилова и Яхонтова был лишь одним из штрихов начинавшегося «красного террора». Практически в это же время в подмосковной деревне были арестованы брат генерала Борис Брусилов, его родственники и находившийся там Алексей Брусилов (младший).
Феликс Эдмундович Дзержинский.
Вскоре Надежда Владимировна обратилась к Ф. Дзержинскому и В. Д. Бонч-Бруевичу с большими письмами, в которых просила об освобождении мужа. И вскоре после этого он был освобожден, хотя и взят под наблюдение чекистов.