В июне 1993 года, вскоре после визита в Тирасполь депутатов из Москвы, президенту Ельцину и главе парламента Хасбулатову направляется письмо с просьбой поручить российскому министерству обороны и прокуратуре Российской Федерации расследование противоправной деятельности командующего 14-й армией генерал-лейтенанта Лебедя и его заместителя, коменданта Тирасполя полковника Бергмана. Письмо подписывают Сергей Бабурин и Геннадий Бенов.
Попытка дискредитировать Лебедя оказывается безуспешной. Осенью 1993 года в Тирасполе состоялись выборы, и Лебедя, несмотря на его отказ участвовать в какой-либо форме в предвыборной борьбе, избирают депутатом Верховного Совета Приднестровской республики.
Поздняя осень 1993 года. Между Ельциным и Верховным Советом разгорается конфликт, 20 сентября парламент отказывает президенту в особых полномочиях. Через несколько дней после этого Ельцин объявляет о роспуске парламента и о новых выборах в течение трех месяцев. Парламент принимает решение о смещении Ельцина с поста президента и назначает Руцкого президентом России. Депутаты не покидают «Белый дом». Ельцин приказывает окружить здание парламента войсками министерства внутренних дел и предъявляет ультиматум: или депутаты до 4 октября покидают здание с Руцким и Хасбулатовым, или их заставят это сделать, применив военную силу.
Руцкой видит, как рушатся его надежды. Только Лебедь, его товарищ по афганской войне, мог бы своим авторитетом изменить ситуацию в пользу Верховного Совета. Владимир Полушин, который служит в 14-й армии, является свидетелем звонка секретаря Руцкого: «Президент назначает Вас министром обороны и приказывает немедленно прибыть в Москву!». «Какой? — спрашивает Лебедь. Есть два!»
Когда секретарь называет Руцкого, для него вопрос решен. Вскоре после этого в одном телеинтервью Лебедь сообщает, что кроме Руцкого и Хасбулатова, его просил и Ельцин приехать в Москву для поддержки. Но он отказал всем троим: он принципиально не будет вмешиваться в политические споры и, кроме того, придерживается мнения, что армия в такой ситуации должна оставаться нейтральной. «В цивилизованной стране армия не вмешивается в политику», — говорит он в заключение. Когда его спросили, как бы он разрешил этот конфликт, Лебедь сказал, что самое справедливое было бы провести одновременно новые президентские выборы и выборы в Верховный Совет.
Между тем ситуация в Москве ускользает из-под контроля Ельцина. Симпатизирующие Верховному Совету прорывают оцепление и проникают в «Белый дом», чтобы поддержать депутатов. В это время Руцкой приказывает танкам двигаться к телецентру Останкино.
Только утром 4 октября появляются воинские части, поддерживающие президента. На применение силы Руцким Ельцин теперь не раздумывая отвечает тоже применением силы. «Белый дом» обстреливают из тяжелых орудий. В течение многих часов весь мир может следить по телевизионным каналам, как «Белый дом» медленно становится черным снизу доверху, как из некоторых окон выбивается пламя — и, наконец, появляются белые флаги. Вот идут через толпу у главного входа два бледных человека — Руцкой и Хасбулатов — и садятся в машину, которая везет их в тюрьму.
Уже 5 октября Лебедь, который свой политический нейтралитет объяснил избранием в депутаты в Приднестровье, рассчитался с главой парламента Приднестровья, Маракуцей. Тот открыто поддерживал Хасбулатова и послал добровольцев в «Белый дом». По этой причине Лебедь требует принять решительные меры против руководства республики. На заседании Верховного Совета Приднестровья он обвинил руководство министерства внутренних дел и министерства безопасности в «некомпетентности и неспособности противостоять преступности», упрекая их в том, что они «скрывают подлинную информацию о криминогенной обстановке в регионе». Он призывает Маракуцу немедленно публично оправдаться. Когда этого не происходит, он настаивает на созыве специального заседания 14 октября. На нем он требует отставки тех министров, которые были «соучастниками московских событий» и оказывали активную помощь Руцкому и Хасбулатову. Так как его не поддержали, он кладет свой депутатский мандат, причем призывает избирателей к новым выборам парламента и выражает «свое разочарование работой высших органов законодательной власти республики».
Решение положить мандат «из протеста против жуликов в правительстве» находит отклик у населения, для которого Лебедь является символом чистоты, морали, права и порядка.
Это поворотный момент к молниеносному взлету его славы и популярности. Теперь к нему в Тирасполь едут журналисты не только из Москвы и со всей России, но и из зарубежных средств массовой информации. Хотя в дальнейшем ничего конкретного не происходит, Лебедя все же объявляют почетным жителем города Тирасполя. В том же году его успехи отмечаются и российской стороной. 14-я армия была признана одной из лучших в России по боеготовности.