Тогда по его делу назначили следствие, которое пришло к выводу о правомерности жалобы. Но Куропаткин не сдавался, написав следующую резолюцию:
Антон Иванович вернулся в свою бригаду, но через два года упрямо напишет частное письмо Куропаткину. Когда последний его прочтёт, то не без гнева начертает:
В Русско-японской войне Антон Иванович будет участвовать как начальник штаба сначала Забайкальской казачьей дивизии, затем Уральско-Забайкальской дивизии генерала Мищенко. В Цинхеченском сражении одна из сопок вошла в военную историю под названием «Деникинской». «Деникинская сопка» была названа в честь схватки, в которой Антон Иванович штыками отбил наступление неприятеля. Вот что по этому поводу пишет биограф Деникина Дмитрий Лехович:
«Например, в ноябре 1904 года во время Цинхеченского боя генерал Ренненкампф, по просьбе Деникина, послал его в авангард заменить командира одного из казачьих полков. Деникин блестяще выполнил свою миссию и штыками отбил японские атаки.
За отличие в боях Деникина быстро произвели в подполковники, затем в полковники. В те времена производство в полковники на тринадцатом году службы свидетельствовало об успешной карьере.
Сочетание боевых качеств Мищенко и Деникина принесло известность отряду. В мае 1905 года, совершив конный набег в тыл противника, отряд истребил японские склады и транспорты, испортил подвозной путь и телеграфное сообщение, захватил пленных. Но главное следствие этого рейда — моральный подъём в армии, не слишком избалованной успехами. Деникин уважал и ценил генерала Мищенко. О совместной работе с ним Деникин запомнил, между прочим, следующее:
«Когда бой становился жарким, генерал Мищенко со своим штабом неизменно шёл впереди с солдатами в стрелковой цепи. «Я своих казаков знаю, — говаривал он, — им, знаете ли, легче, когда они видят, что и начальству плохо приходится»».
До июня 1910 года Антон Иванович проходил службу на штабных должностях, после чего был назначен командиром 17-го пехотного Архангелогородского полка, которым командовал до марта 1914-го. В июне этого года, на должности генерала для поручений при Командующем войсками Киевского военного округа Деникин был произведён в чин «генерал-майора».