С 1894 г. квота на число поступающих отменена, но изменились и правила выпуска: было установлено, что основная задача академии — распространение высшего военного образования в армии. В соответствии с этим после 2-го курса офицеры выпускались в войска, а лучшие поступали на дополнительный курс, и лишь окончившие его причислялись к Генеральному штабу. Выпускники были обязаны прослужить в военном ведомстве 1,5 года за каждый год обучения.
Довольно большое число офицеров по разным причинам отчислялись до окончания курса: за 1881–1900 гг. было отчислено 913 человек. Зато окончившие академию занимали впоследствии высшие командные посты.
По положению (пр. по воен. вед. 1893 г.) Николаевская академия Генерального штаба имела целью:
«а) развитие высшего образования среди офицеров армии и
б) комплектование корпуса офицеров Генерального штаба.
Кроме двух классов — младшего и старшего — существовал Дополнительный курс, куда переводились лучшие по успехам из офицеров, в числе, соответствующем вакансиям в Генеральном штабе» (Императорская Николаевская военная академия).
Поручик (пр. 06.12.1909 г.; старшинство 22.04.1909 г.) Яков Александрович Слащёв окончил академию в 1911 году. Два класса вместе с дополнительным курсом — успешно, но без права причисления к Генеральному штабу из-за низкого среднего балла. Сегодня можно лишь предположить, так как прямых свидетельств не сохранилось, что Яков Александрович вполне мог вступить в конфликт с одним из преподавателей академии. Прямой, честный и храбрый офицер отличался превосходнейшим образованием, но уже тогда не терпел несправедливость.
А.И. Деникин в своих незаконченных мемуарах, вспоминая академию, очень ёмко сформулировал своё отношение к несправедливости в её стенах следующими словами: «Каким непроходимым чертополохом поросли пути к правде». Для этого у него были достаточно веские причины:
«Весною 1899 года последний наш «лееровский» выпуск заканчивал третий курс при Сухотине. На основании закона были составлены и опубликованы списки окончивших курс по старшинству баллов. Окончательным считался средний балл из двух: 1) среднего за теоретический двухлетний курс и 2) среднего за три диссертации. Около 50 офицеров, среди которых был я, тогда штабс-капитан артиллерии, причислялись к корпусу Генерального штаба; остальным, также около 50-ти, предстояло вернуться в свои части. Нас, причисленных, пригласили в Академию, от имени Сухотина поздравили с причислением, после чего начались практические занятия по службе Генерального штаба, длившиеся две недели…
Но вот однажды, придя в Академию, мы были поражены новостью. Список офицеров, предназначенных в Генеральный штаб, был снят, и на место его вывешен другой, на совершенно других началах, чем было установлено в законе». История долгая, но поучительная. Антону Ивановичу потребовалось много сил и здоровья, чтобы добиться справедливости. Благодаря настойчивости будущего прекрасного военачальника, его всё-таки причислили к Генеральному штабу в 1901 году, после соответствующей резолюции военного министра.