Детально М. В. Захаров вникал также во все вопросы материального и транспортного обеспечения. Архивы хранят сотни докладов, графиков, расчетов, проводимых лично М. В. Захаровым. По своему содержанию они носят, в сущности, характер всестороннего исследования вопроса, дают представление, как М. В. Захаров относился к: каждой, казалось даже незначительной, детали в обеспечении операции. В них наглядно видна кропотливая работа начальника штаба, подчиненных ему офицеров.
После окончания Великой Отечественной войны возникла задача глубокого изучения и обобщения ее опыта. Военное академии стали центрами военно-научной мысли, где разрабатывались коренные проблемы советской: военной науки. Ведущее место в этом деле занимала Военная академия Генерального штаба. Ее начальником в сентябре 1945 года был назначен генерал армии М. В. Захаров.
С самого начала своей деятельности в академии М. В. Захаров сосредоточил усилия профессорско-преподавательского состава и слушателей на всестороннем изучении и обобщении опыта минувшей войны. Этому способствовали организованные, регулярно проводимые им общеакадемические научные сообщения и конференции.
Все они проходили, как правило, в обстановке горячих дискуссий и споров, но, умело направляемые начальником академии, всегда завершались установлением единого подхода к оценке уроков войны, единого толкования различных вопросов военного искусства и понимания направления его дальнейшего развития. Все то новое в военной теории, что рождала исследовательская мысль коллектива академии, использовалось не только для всемерного улучшения качества учебного процесса в ее стенах, но и для обогащения знаний командных кадров, несших службу в армии и на флоте. Не будет преувеличением сказать, что в первые послевоенные годы, когда соответствующие уставы и наставления еще находились в стадии разработки, сборники трудов академии, выходившие под редакцией М. В. Захарова, являлись важным пособием при подготовке и проведении оперативных игр и общевойсковых учений. За большую научно-теоретическую и практическую деятельность генералу армии М. В. Захарову в 1948 году было присвоено ученое звание профессора.
В январе 1949 года М. В. Захаров занял пост заместителя начальника Генерального штаба. С июня 1952 года он главный инспектор Советской Армии. В последующем Матвей Васильевич командует войсками Ленинградского военного округа, а затем Группой советских войск в Германии. С апреля 1960 по март 1963 и с ноября 1964 по сентябрь 1971 года М. В. Захаров - начальник Генерального штаба Советских Вооруженных Сил - первый заместитель Министра обороны СССР. На этом высоком посту особенно ярко проявилось его глубокое понимание проблем повышения обороноспособности Советского государства, перспектив развития форм и способов вооруженной борьбы и советского военного искусства в целом. Он был одним из самых активных вдохновителей и непосредственным участником разработки новых вопросов строительства Вооруженных Сил, современных способов их применения в связи с происшедшей революцией в военном деле. В то же время он трезво оценивал реальность, не увлекался "модными" теориями, всегда исходил из действительных интересов обороноспособности страны.
Так же как и в годы минувшей войны, будучи человеком увлеченным, с необычайным темпераментом, М. В. Захаров и в мирных условиях всегда смотрел вперед, проявлял твердость в своих суждениях. Смело вступал в дискуссии как со своими противниками, так и с единомышленниками, убедительно отстаивал свои взгляды, показывая пример ответственных самостоятельных решений и действий в критические минуты. Он был одним из тех, кто открыто возражал против необоснованных решений, принятых Н. С. Хрущевым в начале 60-х годов в отношении артиллерии, авиации и флота. Не меньшего мужества потребовало от М. В. Захарова его выступление против фактической ликвидации Академии Генерального штаба, начальником которой он был продолжительное время и в развитии которой он сыграл выдающуюся роль. В марте 1960 года Н. С. Хрущевым было подписано постановление о сокращении численности Академии на 50 процентов и превращении ее в оперативный факультет Академии имени Фрунзе. М. В. Захаров считал это бедствием для Советских Вооруженных Сил. Он стал инициатором отмены этого акта. В апреле 1961 года было принято новое постановление Совета Министров "О сохранении Академии Генерального штаба в Вооруженных Силах". Академия была восстановлена.