Недостатки организационного порядка, мириться с которыми дальше было уже невозможно, ясно себе представлял и Штаб РККА. М. Н. Тухачевский с присущим ему тактом и спокойной деловитостью разработал и 26 апреля 1928 года представил в РВС доклад, в котором выдвигал предложения о совершенствовании организационной структуры центрального аппарата Наркомата по военным и морским делам.
В докладе указывалось, что за последние годы в процессе реорганизации были сделаны значительные отступления от тех руководящих положений, которые в 1924-1925 годы легли в основу структуры центрального аппарата Наркомата по военным и морским делам. Произошло чрезмерное переплетение функций Штаба РККА и Главного управления РККА. После создания Управления делами РВС и расширения его функций, писал Тухачевский, стало все более принижаться значение Главного управления РККА как органа административного устройства армии мирного времени и Штаба РККА.
Наличие управлений и отделов с тождественными функциями, отмечал он, весьма усложняет работу, увеличивает количество согласований; этим одновременно затушевывается ответственность органов за возложенные на них обязанности. Много параллелизма в работе, связанной с вопросами мобилизации, организации штатов, боевой подготовки войск, планирования общих вопросов бюджета и материального обеспечения подготовки к войне.
Инспекторат, подчеркивал Тухачевский, оказался оторванным от штаба, он не готовится к работе в военное время. Из-за отсутствия необходимых штатных звеньев (отделов, отделений) штабу приходится разрабатывать организацию связи, инженерную подготовку на театре военных действий силами сотрудников Оперативного управления. Допускается обезличка и неправомерная уравниловка. Важнейшие отделы, занимающиеся стратегическим и мобилизационным планированием, в правовом отношении оказались, по сути дела, на равном положении с финансовым, учетным и другими отделами. По сравнению со Штабом РККА многие управления и отделы наркомата имели завышенную группу высшего комсостава. Так, если на должностях в Штабе РККА по штату полагалось уметь 30 комдивов, 11 комкоров и выше, то есть всего 9 процентов к общему числу сотрудников, то в Инспекторате их было 67 процентов, в технических комитетах - 64 процента, в Политуправлении - 55 процентов и т. д. При таком положении Штаб РККА не мог производить обмен начсостава со строевыми частями, что в известной мере приводило к отрыву сотрудников штаба от жизни армии, а также препятствовало выдвижению наиболее способных командиров из войск.
М. Н. Тухачевский предлагал реорганизовать центральный аппарат наркомата следующим образом: значительно сократить штаты, устранить параллелизм в работе отделов ж управлений, укрупнить их и сделать однородными по своей структуре и функциям; резко сократить высший начсостав; ясно разделить должности на командные и технические.
Все основные документы, связанные с планированием бюджета, накоплением материальной части, развитием техники, по мнению Тухачевского, должны прорабатываться руководством Штаба РККА.
Для упорядочения работы он рекомендовал передать в ведение Штаба РККА (из Главного управления РККА, Управления начальника снабжения, Инспектората, Управлений военно-учебными заведениями и противовоздушной обороны) вопросы войсковой мобилизации, мобилизационно-плановые, разработки штатов, боевой подготовки и оборонительного строительства.
Эти предложения М. Н. Тухачевского, как и ряд других, поданных им ранее, не были приняты Реввоенсоветом СССР. В одном из основных доводов, выдвигаемых оппонентами проекта реорганизации штаба (главным образом начальником ГУ РККА В. Н. Левичевым), высказывалось опасение, что Штаб РККА станет органом, "который и планирует, и проводит, и инспектирует, следовательно, имеет все критерии в своих руках. В руках же руководства почти ничего - следовательно, соглашайся и иди на поводу у штаба"{27}. Исходя из этого, по сути дела, ложного толкования, было принято решение временно воздержаться от реорганизации центрального аппарата, а лишь уточнить взаимоотношения между отдельными его органами.
После этого М. Н. Тухачевский подал рапорт об освобождении его от должности начальника Штаба РККА. Перед правительством встал вопрос, кем его заменить. Выбор пал на Б. М. Шапошникова. По своей подготовке, боевому опыту, практике командования войсками и, наконец, знанию штабной службы Б. М. Шапошников был наиболее подходящей кандидатурой на этот пост.
В мае 1928 года М. Н. Тухачевский был назначен командующим войсками Ленинградского военного округа, а начальником Штаба РККА стал Б. М. Шапошников.
Назначение нового начальника Штаба РККА на некоторое время отодвинуло, но не ликвидировало возникшие проблемы. Без решения их трудно было эффективно руководить подготовкой войск, определять реальные пути развития и совершенствования вооруженных сил. Поэтому Б. М. Шапошников вновь предложил провести реорганизацию центральных органов Наркомата по военным и морским делам.