Геном человека: Энциклопедия, написанная четырьмя буквами

Примерно в это время к работе по секвенированию ДНК человека неожиданно присоединилась частная американская компания из штата Мериленд «Celera Genomics» под руководством Крега Вентера, которая объявила, что закончит свою работу на 4 года раньше международного консорциума. Это сильно подхлестнуло всех участников.

Следует отметить, что два конкурирующих коллектива — HUGO и Celera — использовали в своей работе разные подходы к секвенированию ДНК. Эту разницу можно сравнить с процессом создания подробной маршрутной карты. Можно описать подробнейшим образом каждую горку, каждую канавку, каждый бугорок. А можно описать весь путь, но при этом отметить только наиболее важные участки. Международный консорциум применил в своей работе традиционный метод, который заключался в том, что «кусочки» молекул ДНК выстраивали друг за другом: сначала делали карты хромосом, а потом по ним «прогуливались». Таким образом, ученые теряли время на подготовке материала, картировании, но выигрывали в секвенировании — не нужно было помногу раз делать одно и то же. Руководитель компании «Селера» Крег Вентер предложил ускоренный вариант, так называемый «шрапнельный» метод расшифровки структуры целого генома. Этот метод предусматривает разделение всего генома на небольшие фрагменты ДНК без предварительного их картирования, а затем расшифровку последовательностей с использованием высокопроизводительных автоматов и «сборку» фрагментов в нужном порядке с помощью суперкомпьютера с учетом соответствия перекрывающихся нуклеотидных последовательностей на концах фрагментов. Все это напоминает сборку гигантского неизвестного паззла по отдельным совершенно абстрактным его фрагментам. Метод, конечно, казался очень простым, но при этом одни и те же «кусочки» неизбежно попадали в аппарат-секвенатор по 10, а то и по 20 раз. «Celera», конечно же, теряла на том, что по многу раз секвенировала одни и те же фрагменты, поскольку до начала их секвенирования ничего о них не знала. Это казалось многим непроизводительной тратой средств и времени. Но в конечном итоге в результате использования своего подхода «Селера» сильно сэкономила время и деньги на предварительной подготовке материала, так как нужно было только раздробить ДНК на фрагменты и не заниматься трудоемким процессом их предварительного картирования. Кроме того, «Селера» почти с самого начала использовала специальный робот, который способен автоматически расшифровывать ДНК. Этот робот обладал способностью метить разные «буквы» ДНКового текста различными флюоресцирующими красками, а затем с помощью лазера считывать последовательности цветов, как последовательность букв. Огромный объем информации обрабатывался с помощью уникального суперкомпьютера. Celera по-латински обозначает «быстрая». И компания оправдала свое название. Еще в 1995-м году на основе предложенного Вентером подхода было осуществлено секвенирование генома бактерии Haemophilus influenzae. А когда «Селера» приступила к секвенированию генома человека, то и здесь добилась большого успеха, быстро встав по числу секвенированных нуклеотидных последовательностей генома человека вровень с международным консорциумом.

Началась беспримерная в науке гонка. Два коллектива работали независимо, не жалея сил, чтобы придти к финишу первыми. Технология все время совершенствовалась. В результате жесткой конкуренции была создана, можно сказать, новая индустрия по секвенированию ДНК. В Англии, США, Франции, Германии, Японии появились гигантские автоматизированные фабрики — геномотроны, — секвенирующие по несколько миллионов нуклеотидов в неделю.

И вот произошло долгожданное событие: в декабрьском номере журнала Nature за 1999 год появилась статья под названием «Нуклеотидные последовательности первой хромосомы человека». В этой статье коллектив, состоящий из более чем двухсот авторов, сообщил о полном секвенировании одной из самых малых хромосом человека — хромосомы под номером 22. Выход этой статьи окончательно подтвердил тот факт, что проект «Геном человека» будет выполнен. Произошедшее событие некоторые ученые сравнили с первым взглядом на ландшафт новой планеты.