Однако несколько месяцев спустя Климент V, по-видимому опасаясь, что Филипп оставит его без обещанной награды, неожиданно запретил французским инквизиторам и епископам продолжать следствие по делу тамплиеров, присвоив лично себе дальнейшее его ведение. Такое поведение папы, пытавшегося набить себе цену, вызвало ярость Филиппа. Он обвинил главу католической церкви в потворстве еретикам, что было равносильно обвинению в ереси.
Действуя через инквизитора Франции, Филипп заставил гроссмейстера Молэ и четырех руководителей ордена выступить перед высшими церковными иерархами Франции с самообвинением в ереси. Молэ вновь подтвердил, что тамплиеры тайно отрекались от Христа и плевали на крест. Его заставили обратиться с новым посланием к тамплиерам, в котором он освобождал их от сохранения тайны и приказывал, в силу обета послушания, «чистосердечно» признаться инквизиторам и своих преступных еретических заблуждениях.
Вслед за этим последовали новые переговоры Филиппа с Климентом V. Они согласились передать конфискованное у тамплиеров имущество в распоряжение папских и королевских комиссариев, до вынесения приговора. Филипп надеялся, что в конечном итоге ему удастся окончательно присвоить сокровища тамплиеров. Папа же считал, что такое соглашение даст ему возможность получить немалую часть этих сокровищ. Соглашение предусматривало также, что арестованные королем тамплиеры поступят в распоряжение папы и их будут судить инквизиторы вместе с епископами; судьбы гроссмейстера Молэ и других иерархов ордена взялся решить сам Климент V. Осуждение и роспуск ордена было намечено осуществить в соборе, созвать который предполагалось в 1310 г. Кроме этого, Филипп разрешил, чтобы 72 «сознавшихся» обвиняемых во главе с Молэ были допрошены лично папой и кардинальской коллегией.
Однако преследование тамплиеров, по-видимому, встретило в среде церковной иерархии и феодалов значительное сопротивление. Поэтому папа был вынужден лавировать. 12 августа 1309 г. он создал под председательством Нарбонского архиепископа комиссию, перед которой арестованные тамплиеры получили возможность выступить в защиту своего ордена. Гроссмейстер Молэ и другие руководители тамплиеров, ссылаясь, что они подсудны только папе и недостаточно квалифицированны выступать в роли адвокатов своего ордена, отказались дать показания комиссии. Но среди рядовых тамплиеров нашлись более мужественные люди, чем их вожди. Многие из них отреклись перед комиссией от показаний, вырванных у них угрозами и пытками.
Между тем рассерженный вызывающим поведением некоторых арестованных, разоблачивших перед комиссией Нарбонского архиепископа преступные действия инквизиции, силой вырвавшей у них позорящие орден показания, Филипп решил прекратить дальнейшую возню вокруг дела тамплиеров. С папского согласия он приказал собрать поместные соборы для вынесения приговора тамплиерам. 10 мая 1310 г. открылся Санский собор в Париже под председательством архиепископа Филиппа де Маринье, брата королевского министра Энгеррана, доверенного человека короля. Собор объявил отказавшихся от своих прежних показаний и настаивавших на своей невиновности тамплиеров еретиками, повторно впавшими в ересь, и повелел комиссии Нарбонского архиепископа без промедления предать их огню. Хотя представители комиссии пытались отсрочить казнь, в тот же день 54 тамплиера, провозгласивших себя невиновными в ереси, были посажены на телеги и отвезены в поле рядом с монастырем св. Антонио, где их предали мучительной смерти на медленном огне. К чести казненных следует сказать, что ни один из них не пожелал ценой нового «признания» в ереси спасти себе жизнь. Через несколько дней собор предал огню еще четырех упорствовавших тамплиеров. Другие поместные соборы тоже не бездействовали: Реймский собор сжег девять тамплиеров, в Пон де л’Арке сожгли троих, несколько «упорствующих» было казнено в Каркассоне.
Одновременно с этими казнями соборы примиряли с церковью и выпускали на свободу тех тамплиеров, которые, признавшись в ереси, отрекались от нее. Таких было подавляющее большинство.
Однако если Филиппу и его креатуре Клименту V удалось с помощью инквизиции во Франции пытками и террором «доказать» виновность ордена в ереси, в других христианских странах столь же «веских» доказательств добыть не удалось. Христианские князья с большой неохотой преследовали тамплиеров, прекрасно отдавая себе отчет в том, что орден неповинен в приписываемых ему преступлениях. В Англии первоначально не было собрано никаких изобличающих орден в ереси улик. Тогда Климент V настоял на применении пыток против тамплиеров. Король Эдуард II, которому предстояло жениться на сестре Филиппа Красивого, согласился на применение пыток, и хотя таким образом были собраны «улики» против ордена, его членам все-таки сохранили жизнь. В Германии и других странах только после угроз со стороны Климента V против тамплиеров применялись пытки, однако в очень редких случаях посылали их на костер.