Через два дня вице-губернатору был передан черный ящик с документами, которые он должен был взять с собой на корабль; в ящике находились назначение и инструкции для сэра Томаса, письма ему от короля и госсекретаря, назначение на пост вице-губернатора, письма сэру Чарлзу Литтлтону от короля и госсекретаря, письмо губернатору Барбадоса от короля и, наконец, инструкции о том, как вести себя в этой поездке, а также в случае самоотвода, смерти или недееспособности Томаса Модифорда.
20 (30) марта Модифорд зачитал на Барбадосе объявление о своем назначении губернатором Ямайки и призвал всех желающих последовать с ним на новое место жительства. Желающим переехать на Ямайку необходимо было взять с собой в дорогу провиант и получить разрешение на отъезд у губернатора Барбадоса. Эти разрешения нужны были для того, чтобы пресечь бегство из колонии несостоятельных должников и сервентов, срок кабалы которых еще не истек.
5 (15) апреля в связи с готовившимся отплытием сэра Чарлза Литтлтона в Англию (и на период до прибытия нового губернатора) Совет Ямайки избрал своим председателем ветерана армии генерала Венейблса Томаса Линча; одновременно он стал главнокомандующим милицейскими силами и главным судьей острова.
Литтлтон отплыл в Англию 2 (12) мая 1664 года на борту судна «Сент-Джонз хэд». В Лондоне ему пришлось выслушать обвинения в поощрении пиратов, которые выдвинул против него испанский посол дон Патрисио Моледи. Отвечая на жалобы испанского посла, Литтлтон заявил, что не может нести ответственность за антииспанские акции флибустьеров. К этому экс-вице-губернатор добавил, что никогда не получал от английского правительства ясных указаний о прекращении военных действий против испанцев. Убежденный в том, что «испанец более сговорчив, когда его хорошенько поколотить», Литтлтон представил лорду-канцлеру Англии свои соображения о необходимости всемерного поощрения приватиров на Ямайке.
Доводы Литтлтона выглядели убедительно, но назревала вторая «торговая война» с Голландией, и поэтому английское правительство не хотело обострять отношения с Испанией.
21 апреля (1 мая) на Барбадос прибыл корабль «Уэстергейт», который доставил туда сэра Эдварда Моргана с семьей, пассажиров, амуницию, а также королевские грамоты, инструкции и письма. 10 (20) мая полковник Модифорд писал по этому поводу Генри Беннету (получившему к этому времени титул лорда Арлингтона), отмечая, что уже на следующий день после своего прибытия на остров Морган с семьей пожаловал к нему на плантацию в гости. Модифорд сожалел по поводу того, что сэр Эдвард «во время утомительного плавания потерял свою старшую дочь, леди весьма красивую и достойную, и двое других из его семьи после этого тоже умерли от злокачественных болезней, вызванных грязью пассажиров».
О своем назначении и своих инструкциях новый губернатор уведомил испанские власти на Эспаньоле, отправив туда в начале мая кеч капитана Роберта Энсома «Своллоу» и фрегат «Уэстергейт». В письме губернатору Санто-Доминго указывалось, что король велел Модифорду позаботиться об острове Ямайке, а также «строго предписал ему»: «…удерживать всех его подданных от причаливания судов и вторжения на территории его Католического Величества, желая для своей королевской особы лишь одного — чтобы его подданные жили в дружбе и добрых отношениях со всеми своими соседями… Между тем позволено нам не только воздерживаться от всех актов вражды, но любезно предоставить друг другу свободу пользоваться в наших соответствующих гаванях дровами, водой и провизией за деньги. Через полковника Теодора Кэри и капитана Джона Пэррота лично ручаюсь за искренность того, что здесь написано».