После падения крепости Сан-Фелипе корабли ямайской флотилии, стоявшие недалеко от входа в бухту, смогли наконец войти в нее и стать на якорь. По данным испанских источников, у Моргана было 14 судов: флагманский корабль, три легких фрегата и восемь баландр (баландрами испанцы называли небольшие беспалубные суда, напоминавшие баркалоны, шлюпы, тартаны и каики). Пушки флотилии были нацелены на окрестности Портобело для предотвращения возможных нападений испанцев со стороны леса и гор. Кроме того, флибустьеры разместили в крепостях гарнизоны, а на сторожевых постах вокруг города — усиленные караулы.
Президент аудиенсии Панамы дон Агустин де Бракамонте узнал о захвате Портобело и крепости Сантьяго спустя сутки — в четверг 2 (12) июля. Это известие ошеломило молодого аристократа, который не мог поверить, что флибустьеры так быстро овладели одним из самых защищенных городов Испанской Америки. Впрочем, он мог утешиться мыслью, что вторая крепость — Сан-Фелипе — все еще удерживалась испанским гарнизоном.
Не тратя время на созыв военной хунты и пустопорожние разговоры, дон Агустин отдал приказ бить в барабаны и созывать мужское население Панамы на центральную площадь. В девять часов утра того же дня, вскочив в седло, он повел авангард своего войска через саванну в Вента-де-Крусес — небольшое селение, служившее промежуточной станцией для караванов мулов, которые с прибытием в Портобело галеонов «серебряного флота» доставляли туда сокровища Перу. Из указанного селения он отправил гонца в крепость Сан-Фелипе, чтобы сообщить ее коменданту о том, что помощь близка. Вечером в Вента-де-Крусес прибыли 200 солдат гарнизона Панамы. Еще больше людей пришло туда ночью. Позже Бракамонте напишет в отчете: «Я присягнул Господу, что выступлю в пятницу и буду в Портобело в субботу… дабы объединиться с горожанами, бежавшими в горы».
Хотя Морган и его капитаны утверждали, что в войске президента Панамы было три тысячи человек, в действительности под ружьем у Бракамонте находилось не более восьмисот солдат и ополченцев. Проведя смотр своего войска, президент вдруг обнаружил, что из-за спешки часть людей не успела как следует снарядиться, мулаты из милицейских отрядов вообще явились босыми и без оружия и всем не хватало продовольствия. Пришлось отправить в Панаму несколько человек с заданием срочно достать необходимые припасы, оружие и обувь на веревочной подошве, чтобы ополченцам легче было передвигаться в горах.
Мулы со снаряжением и провиантом пришли из Панамы в Вента-де-Крусес через три дня, в воскресенье. В тот же день солдаты дона Агустина встретили в лесу близ деревушки Пекен беглецов из крепости Сан-Фелипе. Они передали президенту печальную новость, что их комендант струсил и сдал крепость врагу.
Бракамонте немедленно созвал военную хунту. На повестке дня стоял лишь один вопрос: стоит ли им продолжить движение к Портобело или вернуться в Панаму?
— Следует продолжить поход, — сказал один из офицеров, и остальные поддержали его.
С группой всадников президент поскакал к мосту через реку Каскабаль, протекавшую в семи милях от Портобело, где стал ожидать подхода основных сил. Здесь он связался с несколькими беженцами из города, которые рассказали ему о силах противника. Полученная информация обескуражила дона Агустина. Он понял, что победить флибустьеров будет не так-то просто.
7 (17) июля Бракамонте написал письмо губернатору Картахены дону Бенито де Фигероа с просьбой прислать подкрепления. Гонец, двигаясь сначала по суше, а потом на каноэ по морю, добрался до места назначения лишь спустя 19 дней. Фигероа немедленно собрал хунту, которая проголосовала за отправку помощи, однако на снаряжение флотилии из семи судов ушло слишком много времени. Она смогла отплыть из Картахены только 21 (31) августа — через полмесяца после того, как Морган покинул Портобело.
О приближении войска из Панамы адмирал флибустьеров узнал заранее. Он воспользовался этим известием, чтобы потребовать от Бракамонте выкуп. Спустя короткое время один из пленников, сержант-майор Антонио де Лара, доставил президенту письмо, написанное на хорошем испанском языке. «Сеньор, — сообщалось в нем, — завтра мы собираемся сжечь этот город дотла, а затем отплыть со всеми пушками и амуницией из крепостей. С собой мы хотим забрать всех пленных… Мы продемонстрируем им такую же доброжелательность, с какой английские пленники столкнулись в этом городе». Впрочем, говорилось далее, отплытие может быть отложено, а город сохранен за выкуп в 350 тысяч песо. Письмо было подписано: «Портобело. 14 июля 1668 года. Энрике Морган».
К письму прилагались статьи капитуляции, подписанные Морганом, шестью его капитанами и одиннадцатью жителями города, включая майора и коменданта — единственного из трех комендантов, которому посчастливилось остаться в живых. Сержант-майор объяснил президенту, что был вынужден вести переговоры с капитаном Джоном Дугласом (Жаном Дюгла), уполномоченным адмирала Моргана, и подписал условия капитуляции под угрозой смерти.