Решение принять геноцид в качестве активной и полностью организованной политики очищения Европы для арийской расы, несомненно, было принято в 1941 году. Есть существенная разница между практикой геноцида и бессердечной умышленной жестокостью, приведшей к смерти десятков тысяч «нежелательных» людей и начавшейся с оккупации Польши, за которой последовал обмен населения. Вольф заявлял, что Гиммлер был глубоко удручен решением о том, что именно он ответственен за это преступление — величайшее из всех, которые когда-либо человек совершил в истории по отношению к своим собратьям. Керстен подтверждал это. Решению в пользу геноцида предшествовало не вполне понятное «конечное решение» об отправке миллионов европейцев — низших людей на Мадагаскар и вынужденное согласие Франции на использование острова в этих целях. Эта идея брала свое начало в первоначальной политике побуждения евреев к эмиграции из Германии в середине 30-х годов. Мадагаскарский проект, который впервые открыто обсуждался в 1938 году, существовал (по крайней мере, в теории) до конца 1940 г., поскольку в этом году Эйхману было приказано подготовить план создания автономного еврейского поселения под управлением немецкого полицейского губернатора на острове, куда собирались отправить около четырех миллионов евреев. И Гейдрих, и Гиммлер одобрили план, но, согласно датскому изданию «Мемуаров» Керстена, Гитлер вскоре после капитуляции Франции отказался от этой идеи, и приказал Гиммлеру осуществлять последовательное уничтожение европейских евреев. Но лишь в феврале 1942 года в меморандуме, посланном Гитлером в министерство иностранных дел, был заявлен официальный отказ от Мадагаскарского проекта.
К решению применить организованное массовое уничтожение, национальную политику геноцида, видимо, пришли после тайных дискуссий, в которых, несомненно, доминировал Гитлер. По свидетельствам Вольфа и Керстена, Гиммлер в тот период часто был беспокоен, и казалось, что он поглощен какой-то проблемой, которую не может обсудить ни с кем из окружающих.
Летом было принято твердое решение. 31 июля 1941 года Гиммлер, тщательно подобрав выражения, послал свое распоряжение Гейдриху, которому поручалось административное планирование уничтожения.
«Дополняя задачу, определенную 24 января 1939 года, о решении еврейской проблемы средствами эмиграции и эвакуации, как наилучшим способом в данных обстоятельствах, я настоящим поручаю Вам сделать все необходимые приготовления, касающиеся организационных, финансовых и материальных вопросов, для полного решения еврейского вопроса в пределах немецкого влияния в Европе… Далее я поручаю Вам как можно скорее представить мне общий план мер по организации и действиям, которые необходимо предпринять для проведения в жизнь окончательного решения еврейского вопроса».
Согласно показаниям Ламмерса, начальника канцелярии рейха, на Нюрнбергском процессе, различия между «окончательным» и «полным» решениями Гиммлер объяснил Гейдриху на словах. Можно не сомневаться в том, что Гейдрих и сам знал это; он назначил своим главным заместителем в этом вопросе Адольфа Эйхмана. Эйхман также подчинялся Гиммлеру, удерживавшему непосредственный контроль за концентрационными лагерями, которые частично перестали быть центрами уничтожения. Давая показания на суде в Израиле в 1961 году, Эйхман утверждал, что даже в ноябре 1941 года «не знал никаких подробностей плана», а знал лишь, что «план готовится».
Помощник Гейдриха, Вислицени, свидетельствовал в Нюрнберге в январе 1946 года, что весной 1942 года Эйхман получал определенные приказы от Гиммлера. На встрече в кабинете Эйхмана «в конце июля или в начале августа» обсуждалось убийство евреев.