Гейдрих тем временем делил свое внимание между обязанностями в Берлине и в Праге, где после короткого периода террора и карательных акций, направленных против движения Сопротивления, он расчистил путь марионеточному правительству президента Гачи, который, по его мнению, был максимально готов к сотрудничеству с Германией. Намерения Гейдриха относительно Чехословакии соответствовали политике Гиммлера в Восточной Европе: уничтожение нежелательных расовых элементов и германизация остальных чехов и их территории; такая политика была принята в 1940 году, за год до назначения Гейдриха, одобрена Гитлером и согласована с Карлом Германом Франком, эсэсовским комендантом Праги. 2 октября Гейдрих в общих чертах обрисовал свои планы на тайной конференции нацистской администрации в Праге. Богемия по праву была немецкой территорией и на ней должны были снова поселиться немцы; чехов с хорошими расовыми признаками следовало германизировать, а остальных уничтожить или стерилизовать. Гейдрих изложил долговременный расовый план для Европы, согласно которому народы германского происхождения объединялись под управлением Германии: «Совершенно очевидно, что мы должны применять абсолютно новый способ обращения с этими народами, отличный от того, какой мы применяем к другим расам: славянам и т. п. Немецкой расой надо управлять жестко, но справедливо; их следует гуманно вести по тому же пути, что и наших людей, если мы хотим навсегда сохранить их в Рейхе и слиться с ними».
В этом плане Гейдрих вторил мыслям Гиммлера. Продвигаясь на восток, говорил он, немецкая армия превратит низшие расы, которые не уничтожит, в армии рабов, которые протянутся от атлантического побережья до Уральских гор, чтобы защитить Великий Рейх от народов Азии. Восток с помощью своей рабской рабочей силы будет производить продукты питания для арийского Запада.
В отношении чехов, добавил Гейдрих, было бы мудро проявить определенный такт теперь, когда им продемонстрировали сильную руку СС. «Лично я, например, — говорил он, — буду поддерживать приятные общественные отношения с этими чехами, но буду осторожен, чтобы не переступить определенный барьер». Он завершил свою речь осторожной ссылкой на «окончательное решение», предупредив своих слушателей о секретности; он сказал, что ему понадобится полный расовый портрет чешского народа, полученный под различными предлогами список всего населения:
«С людьми хорошей расы, имеющими добрые намерения, все ясно — они будут германизированы. От других — людей низшего расового происхождения, настроенных враждебно, — я должен буду избавиться. На Востоке для них есть масса места… За короткое время, которое я здесь пробуду, я смогу положить много камней в основу процветания нации».
Гейдрих менее чем через неделю после своего назначения уже говорил как признанный нацистский лидер. Хотя идеи, которые он провозглашал, были достаточно знакомы из мифологии Гиммлера, Гейдрих теперь говорил от первого лица. В конце сообщения, которое он 27 сентября передал по телетайпу в штаб-квартиру Гитлера в России, чтобы известить о своем приезде в Прагу, Гейдрих ясно дал понять, что «все его политические отчеты и письма будет передавать рейхсфюрер Борман». Больше не было речи о том, что он будет общаться с фюрером через Гиммлера; по словам Шелленберга, которого Гейдрих пригласил отпраздновать свое новое назначение за бутылкой шампанского, Борман сказал Гейдриху, что в запасе у фюрера есть для него еще более высокий пост, который он займет в случае успешных действий в Чехословакии. Поэтому Гейдрих полагал, что не надолго задержится в Чехословакии, о чем и сказал на секретной конференции в Праге. В конце концов, он все еще был главой РСХА и не собирался прерывать связи с Берлином. Чтобы везти его в Германию и обратно, всегда был наготове самолет, но жену и детей он перевез в Прагу и поселил в прекрасном и роскошном поместье, предназначенном для протектора, в двадцати милях от столицы. В качестве поощрения за хорошее поведение он увеличил пайки чешских рабочих и, когда окончилась первая политическая чистка, принял роль друга Чехословакии, пытаясь в то же время повысить производительность промышленности страны на благо Германии. Несмотря на его непрерывную работу, регулярные поездки в Берлин, частые визиты к Гитлеру на Украину, он считал обязательным для себя выступать в роли покровителя искусств в Праге и субсидировал представления немецкой оперы.