И действительно, Афанасий на страницах «Хожения» показан как человек глубоко религиозный, текст начинается с прославления Иисуса и благословений на путешествие, полученных им от его духовных наставников. В дальнейшем его настороженное отношение к исламу постепенно проходит, он даже приводит в путевом дневнике суннитскую легенду о наказании городу Рее за убийство имама Хуссейна. В своих путешествиях по исламским странам Афанасий выдает себя за мусульманского купца Юсуфа Хорасани, но втайне якобы придерживается христианских обрядов. Однако соблюдение обрядов создает большие трудности, поскольку мусульманский календарь не соответствует христианскому, а книги и календари были утрачены еще в самом начале его путешествия. Испытывая потребность в общении с Богом, Афанасий стал поститься в Рамадан вместе с мусульманами «по вере Мухаммеда, посланника Божья, а когда Пасха Воскресения Христово, не знаю, постился с бесерменами в их пост, с ними и разговелся». Кроме того, в тексте его записей вместо привычных православных молитв появляются слова: «Олло акберъ, Олло керим, олло рагим!» или «Олло худо, олло акберъ, олло ты, олло керимелло», в которых без труда угадываются обращения к Аллаху на арабском и персидском языках. Именно такие записанные кириллическими буквами исламские молитвы сохранились в Летописном и Троицком изводах. Переписчики, составившие Суханов извод, сохранили текст молитв, изменив слово «Олло» на «Богъ» или «Боже».
В индийском Бидаре Никитин размышляет о судьбах русской земли. Перечислив преимущества земель, в которых он побывал – Крыма, Грузии, Турции, Молдовы и Подолья, – он молится за русскую землю, но при этом добавляет: «На этом свете нет страны, подобной ей, хотя эмиры Русской земли несправедливы. Да устроится Русская земля и да будет в ней справедливость!» Вот любопытный момент: Афанасий называет правителей Руси эмирами. Похоже, что в течение путешествия он действительно постепенно превращался в арабского купца.
Там же в Бидаре Афанасий стал свидетелем выступления мусульманского войска во главе с Махмудом Гаваном на джихад против индуистского виджаянагарского князя. Ошеломленный видом трехсоттысячного войска, уходившего на войну за веру, путешественник пишет: «Такова сила султана бесерменского!», а затем прибавляет по-персидски: «Маметъ дени иариа». Что же означают эти слова? Перевод таков: «А Мухаммедова вера годится». Эти слова сохранились в тексте «Хожения» благодаря тому, что христианин-переписчик не знал их перевода. Они демонстрируют изменившееся отношение Никитина к исламу. Подтверждают это и следующие фразы на персидском: «а правую веру Бог ведает. А правая вера Бога Единого знать, имя Его призывать, на всяком чистом месте в чистоте». Дело в том, что в этих фразах выражен исламский «символ веры», указывающий на основополагающие понятия ислама: Единый Бог – это Аллах, призывание Его имени – зикр, «на всяком чистом месте в чистоте» – условие тахарата (ритуального очищения) для намаза. Далее в тексте Афанасий Никитин уже прямо называет Мухаммеда (мир ему) Посланником Божьим («Маметъ дени росолял»).
И, наконец, заканчивается текст «Хожения» пространными исламскими молитвами. Если считать, что последние строки путевого дневника были написаны Афанасием перед смертью, то получается, что в последние часы своей жизни он молится Аллаху как правоверный мусульманин. Заключительная молитва в «Хожении» Афанасия Никитина состоит из трех частей: общего прославления Бога, искаженного написанием прославления Аллаха по 22–23 аятам 59-й суры Корана и безошибочного по порядку и довольно точного по написанию перечня эпитетов Аллаха, начиная с 4-го по 31-е его «имя». Вот она (по Троицкому изводу): «Олло перводигырь! Милостью же Божиею проеидох (прошел) же три моря. Дигырь худо доно, олло перводигирь доно. Амин! Смилна рахмамъ рагымъ. Олло акберь, акши худо, иллелло акши ходо. Иса – рухолло, аликсолом. Олло акберъ. Ла илягиля илл Олло. Олло перводигерь. Ахамду лилло, шукуръ худо афатад. Бисмилнаги рахмам ррагым. Хуво мугу ллязи, ля иляга ильля гуя алимул гяиби ва шагадати. Хуа рахману рагыму, хуво могу лязи. Ля иляга ильля гуа. Альмелику, алькудосу, асалому, альмумину, альмугамину, альазазу, альчебару, альмутаанъбиру, альхалику, альбариюу, альмусавирю, алькафару, алькахару, альвахаду, альразаку, альфаиагу, альалиму, алькабиру, альбасуту, альхафизу, альъррафию, альмавифу, альмузилю, альсемию, альвасирю, альакаму, альадьюлю, альятуфу!»