«Из всего вышеизложенного открывается, что тот, кто сие донес Государю Императору, что болезни, на флоте существующие, есть последствия чрезвычайно худой провизии для довольствия нижних чинов употребленной, осмелился сделать Его Императорскому Величеству донос обличенный ложным — командирами, офицерами и нижними чинами на флоте находящимися».
Особое место в биографии A. C. Грейга заняло Севастопольское восстание 1830 года. Его основы были заложены значительно ранее. Так как на кораблях в главную базу могли занести чуму, чтобы эпидемия не распространилась за пределы Севастополя, не нашли ничего лучше, как вместо того, чтобы установить кордон вокруг порта, с мая 1828 года установили карантинное оцепление вокруг всего города. С лета 1829 года карантин был ужесточен настолько, что крестьяне перестали привозить продовольствие, провизия вздорожала. Положение усугубляла деятельность медицинских и карантинных чиновников. Так как чумных больных не было, они отправляли в карантин всех подозрительно заболевших. С 10 марта 1830 года на восемьдесят дней жителям было запрещено выходить из домов и дворов, а средства, направленные на их питание, расхищались. Когда же 27 мая срок карантина истек, но его оставили в Корабельной слободке, населенной самыми обездоленными людьми, среди последних и появилось возмущение. 31 мая слободку оцепили войска, прервав сообщение с городом, и власти пробовали уговорами успокоить население, но безуспешно. Военные меры только способствовали разгоранию недовольства, охватившего массу матросов, мастеровых и их семей. 4 июня толпа бунтовщиков убила губернатора Столыпина, а также наиболее ненавистных ей чиновников и комиссионеров. От официальных лиц требовали и получали расписки о том, что в городе чумы не было. С 4-го по 7 июня город находился в руках восставших, ибо солдаты отказывались стрелять в них. Лишь 7 июня восстание было подавлено войсками, введенными в город, после чего началось следствие.
Уже в ходе войны Грейгу приходилось отрываться от управления военными действиями и приезжать сушей в Севастополь.
В ходе июньского восстания 1830 года главному командиру вновь пришлось срочно прибыть в Севастополь, ибо ни контр-адмирал Скаловский, ни другие официальные лица не располагали достаточным авторитетом, чтобы погасить возмущение.
Можно полагать, что обещание помилования всем участникам, кроме зачинщиков и убийц, и наказания виновных в злоупотреблениях чиновников помогли адмиралу успокоить восставших. Грейг учредил комиссию для выяснения причин восстания и виновных. Однако получивший неограниченные полномочия для подавления восстания генерал-губернатор Новороссии и Бессарабии граф Воронцов решил применить более жесткие меры. Граф распустил комиссию, созданную Грейгом, через месяц после начала ее деятельности, 19 июля 1830 года. Адмирал оказался в сложном положении, ибо нарушил обещания, данные им для прекращения возмущения. Он не был согласен с мерами, которые предпринимал Воронцов, и между ними на время даже возникла ссора. Не имея возможности иным способом оказаться в стороне от неправедно, по его мнению, организованного следствия, моряк сказался больным. Лишь когда Император приказал организовать новую комиссию, адмирал объявил о своем выздоровлении. Но и новая комиссия не оправдала участников восстания. Семеро были казнены, несколько десятков отправлены на каторгу и в арестантские роты.
После войны Грейг продолжал преобразования. В 1829–1830 годах были введены в строй в Николаеве мортонов эллинг, эллинг для кораблей и эллинг для фрегатов, открыто уездное училище. Однако с 1830 года адмирал оказался в трудном положении. Морской историк Е. И. Аренс отмечал:
«Последние годы службы почтенного адмирала Алексея Самуиловича Грейга на юге были сильно омрачены доносами и наветами подпольных клеветников, вымещавших на нем свои неудачи в разного рода нечистоплотных аферах или личные неудовольствия. Грейг вышел из этой грязи безупречно чистым, каким он действительно всегда и был, но жизнь его уже была отравлена».
Вероятно, и недостаточно жесткая позиция Грейга в подавлении Севастопольского восстания побудила Николая I искать ему смену на посту главного командира. 14 августа 1830 года по высочайшему повелению Грейг прибыл в Санкт-Петербург и получил денежную награду в 50 тысяч рублей.