В это время на Байконуре готовили к старту второй космический корабль «Союз» с экипажем из трех человек – командир корабля Валерий Федорович Быковский, бортинженер Алексей Станиславович Елисеев и космонавт-исследователь Евгений Васильевич Хрунов. Запуск «Союза-2» намечался на 24 апреля 1967 года. «Союз-1» должен был сблизиться и состыковаться с космическим кораблем «Союз-2». Космонавты Алексей Елисеев и Евгений Хрунов в скафандрах через открытый космос переходили из «Союза-2» в «Союз-1». Затем космические корабли расстыковывались и поочередно возвращались на Землю.
Но выявленные серьезные неполадки в работе бортовых систем «Союза-1» делали невозможной реализацию всей этой программы космического полета двух кораблей. Поэтому было принято решение о досрочной посадке «Союза-1» и отмене запуска второго корабля. 24 апреля 1967 года была включена двигательная установка космического корабля, произошло разделение его отсеков и спускаемый аппарат начал спуск в земной атмосфере. Владимира Комарова с нетерпением ждали на Земле. Но произошла катастрофа – роковым стал отказ еще одной системы, парашютной. На высоте 7 километров вытяжной парашют не смог вытянуть главный купол. А запасной закрутился вокруг строп вытяжного и не наполнился воздухом. Через несколько минут спускаемый аппарат врезался в грунт со скоростью около двухсот метров в секунду, топливо взорвалось, начался пожар…
Когда спасатели на вертолетах добрались до места посадки корабля, обломки спускаемого аппарата еще горели. Только через несколько часов из груды обгоревшего и искореженного металла, в которую превратился «Союз», смогли извлечь останки Героя Советского Союза, летчика-космонавта СССР Владимира Михайловича Комарова.
После гибели Владимира Комарова потребовалось провести более сотни конструкторских, технических и технологических доработок космического корабля «Союз» – настолько еще «сырым» был корабль.
Космический корабль «Союз» был возвращен на завод для проведения дополнительных испытаний бортовых систем. После доработок снова начались беспилотные испытания. 30 октября 1967 года была осуществлена первая автоматическая стыковка двух кораблей «Союз», запущенных на орбиту под названиями «Космос-186» и «Космос-188». Правда, стыковка была только механической, осуществить полный контакт двух кораблей не удалось.
Эксперимент с автоматической стыковкой было решено повторить. 15 апреля 1968 года два беспилотных «Союза» («Космос-212» и «Космос-213») осуществили стыковку, но уже с полным механическим и электрическим соединением кораблей. Внешне космические корабли отличались друг от друга только конфигурацией стыковочного узла: «активный» стыковочный узел имел форму штыря, а «пассивный» – конуса. В процессе стыковки «активный» космический корабль приближался к «пассивному». Штырь его стыковочного агрегата входил в ответный конус на «пассивном» корабле и фиксировался. После этого начиналось стягивание состыкованных кораблей, и они образовывали единый комплекс – «экспериментальную орбитальную станцию». Стыковочный агрегат этого типа так и назывался – «штырь-конус».
23 мая 1967 года в экипажи для полетов на «Союзах» были введены новые космонавты на замену выбывшим – погибшему Владимиру Комарову и отстраненному от полетов Юрию Гагарину, которого было решено «поберечь и больше в космос не пускать».
Командование оценило испытательский опыт Георгия Берегового, он из третьего экипажа был переведен в первый. Георгий Тимофеевич впервые стал командиром в основном экипаже космического корабля.
28 августа 1968 года был запущен еще один космический корабль 7К-ОК «Союз» под названием «Космос-238», благополучно вернувшийся на Землю. Все пять беспилотных полетов кораблей серии «Союз», выполненные после гибели В. М. Комарова, прошли успешно. Государственная комиссия приняла решение о подготовке нового пилотируемого полета. В новом полете предполагалось сделать то, что не удалось сделать в апреле 1967 года – осуществить стыковку двух космических кораблей, что позволило бы начать подготовку к запуску долговременных орбитальных станций.
Казалось бы, уже можно было посылать «Союзы» в полет и выполнять стыковку космических кораблей, а затем и переход двух космонавтов из корабля в корабль. Но после гибели Владимира Комарова в апреле 1967 года авантюрный подход сменился трезвым расчетом, который, впрочем, иногда граничил просто с перестраховкой. 10 июня 1968 года состоялось заседание Государственной комиссии по «Союзам», на котором был принят ряд «очень осторожных решений».
Руководители советской космонавтики решили подстраховаться и перед стыковкой двух пилотируемых кораблей с четырьмя космонавтами выполнить предварительно еще один испытательный полет с одним космонавтом на борту. Этот испытательный полет получил название «вариант "0+1"». А сама экспедиция со стыковкой двух кораблей и переходом космонавтов из корабля в корабль стала именоваться «вариант "1+3"».
Теперь планы на предстоящие полеты выглядели следующим образом: