Данные чувственного восприятия, оформленные разумом в понятия, являются исходным пунктом логического процесса обобщения, конечный результат которого — определенное, ограниченное число самых общих понятий — категорий. Эти понятия невозможно свести ни одно к другому, ни к какому-то простейшему понятию. Конисский считает, что категории — «естественный ряд родов, видов и индивидов, размещенных под одним самым общим родом» (там же, 86). Принимая основное материалистическое положение логики Аристотеля о том, что логические законы и формы мышления не образуются самим мышлением, а являются отражением и обобщением в логике естественных процессов, Конисский пользуется им и при объяснении категорий. Он утверждает, что категории не выдуманы, не изобретены разумом, они лишь отражают и фиксируют естественное соотношение вещей самым общим образом. Профессор не отрицает, что можно по-разному понимать соотношение вещей и поэтому устанавливать различное число категорий (некоторые ученые признают лишь одну категорию — сущее). Конисский понимает категории как самые общие понятия, отражающие действительное соотношение вещей в природе, характеризует их как наивысшие роды «реального сущего». Термин «реальное сущее» взят им у средневековых философов и обозначает материальный мир вещей, существование которых можно непосредственно ощутить. «Нереальные сущие», т. е. вещи, явления, в существовании которых нельзя непосредственно убедиться (такими Конисский считает вещи отрицаемые, лишенные формы), «непосредственно не могут быть помещены ни в одном из наивысших родов вещей, если не сводятся к ним несвойственно и аналогично» (там же, 87). Таким «нереальным сущим» Конисский считает и бога, признавая его бытие лишь аналогично бытию «реального сущего».
Вопрос о синонимичности или аналогичности бытия бога и реального сущего был тогда вопросом о связи бога и природы, вопросом о зависимости природы от бога. Этот вопрос был одним из важнейших пунктов расхождений между номиналистами и реалистами еще в средние века. Согласно учению Фомы Аквинского и томистов, истинным бытием считалось бытие бога и других духовных сущностей. Материальная же природа признавалась существующей лишь аналогично, относительно истинного бытия. Конисский, отодвигая бога за пределы материальной природы, отказывает ему в субстанциальности. Категория «субстанция» характеризует лишь явления природы, бог же может лишь подразумеваться как нечто «аналогичное сотворенной субстанции» (5, 88). Согласно мнению Конисского, не природа существует аналогично богу, а бог — аналогично природе.
Конисский не придает большого значения метафизике вообще и проблеме категорий в частности. Они носят для него лишь прикладной характер, т. е. имеют практическое назначение. Руководствуясь практической значимостью, он выделяет категорию причинности, служащую ядром метода естественных наук. Главное в познании вещей — познание их причин: «Для подлинной науки необходимо и достаточно, чтобы она имела точность выводов из доказательств, а именно: через причины; не требуется, чтобы она доказывала так все доводы, но достаточно, что она стремится доказывать и в большинстве случаев даже действительно доказывает» (там же, 58). Отодвинутый за пределы природы бог сохраняет свое значение универсальной причины. Для Конисского важно познать непосредственные причины явлений, причины видимые, ощутимые и объяснимые. «…Вообще к богу прибегают тогда, — говорит он, — когда причины вещей неизвестны…» (там же, 259). Категории, считает Конисский, помогают лучше и глубже понять отдельные вещи: «Всем философам присуще мнение, что не может быть знания об отдельных вещах, ибо все течет и меняется… А если бы мы рассматривали то, что содержится вообще во всех вещах одинаковой природы, то мы бы увидели у них нечто общее. И тогда сразу ясно, что мы должны рассмотреть роды вещей, если хотим установить о вещах нечто определенное. Поэтому некоторые из античных философов, такие, как Гераклит Эфесский и Кратил, и великий вождь эпикурейцев, поскольку акцидентально не рассматривали природу вещей вообще, казалось, и об отдельных вещах не могли знать ничего определенного, они попали в такое заблуждение, что считали, будто у людей вообще не может быть никакого знания о вещах» (там же, 68). У Конисского нет сомнения в эмпирическом происхождении и применении категорий как результата обобщения данных опыта.