Обходными путями обошли город Темников. Тельгуновскими лесами вышли к Выксе. Столбовые дороги были перекрыты сторожевыми заслонами и заставами правительственных войск. Леса прочёсывались стрельцами: вылавливались пугачёвцы и все, кто чем-либо походил на них. От всякой случайности санаксарским монахам приходилось продвигаться обходными путями. Шли с сердечной Иисусовой молитвой по пути, указанному Господом. Позади оставались города: Судогда, Суздаль, Ростов, Углич, Бежецк. Долго шли по Валдаю. Всё – леса, леса, озера… Осенняя прохлада, многодневные моросящие дожди да густые зябкие туманы сдерживали.
В Сергиеву пустынь пришли с первыми осенними заморозками. Тут и обрушилась на ещё не окрепшего после многотрудной дороги Герасима странная опасная болезнь: резко вспыхнула высокая температура – он просто горел. «На горле образовался нарыв: опухоль быстро возрастала и обезобразила всё лицо, боль была ужасная, весьма трудно было глотать, запах был нестерпимый. В таком опасном положении, ожидая смерти, молодой подвижник не обратился к земному врачу». И он как бы услышал: «Брат унылый и ропотливый! Зачем скорбишь? Зачем вопиешь? Для чего посылаешь за помощью далеко, имея Иисуса, стоящего близ тебя и желающего, чтобы ты призывал Его в помощь! Воззови к Нему: Наставниче! и Он ответит тебе. Прикоснись к краю одежд Его, и Он исцелит тебя не только от одного сего страдания, но и от всех страстей твоих. Если бы ум твой находился там, где бы ему надлежало быть, то и угрызения ядовитых змей и скорпионов не могли бы низвести тебя оттуда к ощущению телесной болезни: забых снести хлеб мой от гласа воздыхания моего (Пс.101, 5). Не скорби; милость Божия близка тебе». «Он с горячею молитвою и со слезами припал перед образом Царицы Небесной и, прося у Неё исцеления, молился всю ночь, потом мокрым полотенцем отер лик Пречистой Владычицы и этим полотенцем обвязал опухоль, продолжая молиться. В изнеможении заснул он на полу и увидел во сне, что его исцелила Пресвятая Дева. Наутро просыпается, встает и к великой радости находит себя совершенно здоровым. К удивлению врачей, опухоль, не прорвав нарыва, разошлась, оставив о себе только слабый след, как бы воспоминание чуда».
Правительственные войска императрицы Екатерины II к весне 1775 года погасили пожар крестьянского бунта Емельяна Ивановича Пугачёва. Весна растеплиласъ, зазеленелась. Пернатые возвратились в родные места из жарких стран. Пожелтели песчаные дюны на берегу лазурного залива. Всё чаще с надеждой посматривал на Восток послушник Герасим: ожидал благословенного дозволения снова вернуться в сладостную и ласковую Саровскую пустынь… Только к осени 1775 года получил он известие печальное из города Арзамаса от сестёр Алексеевской обители: батюшку Феодора по повелению Сената и Синода отправили в далёкую северную обитель – Соловки.
Причиной этой горькой несправедливости было предательство темниковского воеводы Неелова, который подобно Иуде наклеветал на своего духовного отца Феодора.
«Когда темниковский воевода Неелов пожелал иметь отца Феодора духовником, то батюшка сразу предупредил его, что нужно полное повиновение во всём, что касается духовной пользы человека, избравшего себе духовного руководителя. Воевода обещал полное послушание и в течение трех лет исполнял это послушание. Затем от стал не заботиться о душе: нарушал посты, притеснял граждан, запечатывал летом печи в домах, взымая за разрешение пользоваться всякою печью по рублю, несправедливо решал дела, за подкуп обвиняя невинных в пользу виновных, брал взятки.
Узнав обо всем этом, отец Феодор строго обличал своего духовного сына, который на это обличение не только не обращал внимания, но и, наконец, в самый разгар страдной поры заставил крестьян строить себе в городе дом. Крестьяне обратились к отцу Феодору с просьбой убедить воеводу Неелова, чтобы он позволил им раньше убрать хлеб с полей…
Отец Феодор приехал в город Темников, застал воеводу в присутственном месте и высказал ему всё, что значилось в его противоправных действиях, а также просил его, чтобы он перестал притеснять народ.
Воевода подал жалобу Воронежскому губернатору, будто бы настоятель Санаксарского монастыря иеромонах Феодор (Ушаков) в служебном месте прилюдно нанес ему, человеку зеркальному, оскорбление – назвал грабителем.
Такова была месть «духов злобы» этому дивному подвижнику благочестия. Но козни врагов победил старец Феодор великим терпением и смирением. За горячую ревность в святоотеческом пути, сподобил Господь пострадать старца Феодора Санаксарского.
Сёстрам Алексеевской общины батюшка писал:
«Ныне от вас следует моё отлучение, но вы о том, конечно, не печальтесь, понеже всё не без воли Божией совершилось. Итак, не печальтесь, а радуйтесь, что до такой скорби благость Божия нас доводит, тем более что она пришла совершенно безвинно, а за одно обличие человеческого нечестия и вопиющей на небо несправедливости, что мы, по обязанности нашей, всегда о том говорить должны, и не токмо страдать, но и умирать готовы».