Вернувшись в Берлин, Пик и Гротеволь приступили к подготовке политического отступления. 9 июня Политбюро ЦК СЕПГ признало ошибки в форсировании строительства социализма и провозгласило «новый курс», направленный на улучшение условий жизни населения. Предусматривалось снижение налогов в частном секторе экономики, выделение кредитов на производство товаров народного потребления, меры по возвращению крестьян к брошенному хозяйству. Предполагались и политические перемены, в частности, «облегчение транспортного сообщения с Западной Германией», восстановление в школах и вузах учащихся и студентов, исключенных из-за принадлежности к церковным молодежным организациям. Несмотря на то, что решение 9 июня носило характер покаяния, в нем ничего не было сказано об отмене снижения производственных расценок, одобренного правительством ГДР буквально накануне. Идя на уступки «нэпманам», власть еще слишком доверяла «своему» рабочему классу. Именно он не упустил своего шанса попробовать власть на прочность, ее уступки и колебания прибавили трудящимся дополнительной энергии.
Беспорядки в Берлине начались 16 июня с марша протеста строителей Аллеи Сталина, копировавшей в своем архитектурном исполнении помпезность Ленинского проспекта в Москве. На первых порах демонстранты ограничивались социально-экономическими требованиями, затем появился лозунг «Мы хотим быть свободными людьми!». У здания правительства ГДР стали раздаваться требования его отставки и всеобщей забастовки, проведения многопартийных выборов, обстановку не разрядило и обещание властей поднять расценки оплаты труда строителей. На следующий день волна протестов и демонстраций вышла за пределы Берлина, забастовками было охвачено около 600 предприятий. Массовые митинги и демонстрации проходили 17 июня в 250 населенных пунктах, в ряде крупных городов стачечный комитет заявлял о переходе власти в свои руки. Стихийные волнения выливались в освобождение из тюрем политических заключенных, стычки с полицией и разграбление магазинов.
Около полудня на всей территории страны было объявлено чрезвычайное положение, на улицах Берлина и других городов появились советские танки. Согласно воспоминаниям советского посла в ГДР Семенова, Москва требовала для разгона демонстраций вести огонь на поражение. Чтобы не накалять обстановку, советские военные власти ограничились выстрелами в воздух. И все же при разгоне демонстраций с обеих сторон появилось несколько десятков погибших, к 1 июля было арестовано 10 тысяч реальных и мнимых «подстрекателей» – на поверку 70 % из них оказались рабочими. Волнения 16-17 июня вызвали паралич руководителей СЕПГ, которые так и не решились пойти на прямой контакт с вышедшими на улицы людьми. Не найдя лучших объяснений, партийная пропаганда назвала случившееся «фашистской провокацией», руководимой из Бонна.
Внутрипартийный кризис был использован оппонентами Ульбрихта в Политбюро ЦК СЕПГ – министром госбезопасности Вильгельмом Цейсером и главным редактором центрального партийного органа Рудольфом Хернштадтом – для того, чтобы заставить его отказаться от власти. Подготовленная ими платформа опиралась на положения московского документа, делая акцент на кризисе в самой партии. Превратившись в ядро административно-бюрократического аппарата, СЕПГ «потеряла связь с широкими массами, доверие значительной части рабочего класса». Интересно, что в платформе ЦейсераХернштадта впервые указывалось на «культ личности» (Pers"onlichkeitskult) как одну из причин партийного перерождения. Попытка оппозиционеров свергнуть Ульбрихта на заседании Политбюро ЦК СЕПГ 7 июля не привела к успеху. Воспользовавшись арестом Берии в Москве, большинство Политбюро объявило Цейсера и Хернштадта его сторонниками, фактически записав на счет бериевского заговора и майское решение Президиума ЦК КПСС. Советское руководство, занятое внутренней борьбой, не решилось вторично вмешиваться в ход событий в ГДР, опасаясь еще более трагических последствий. Это позволило сохранившему рычаги власти Ульбрихту развернуть масштабную кадровую чистку, стоившую карьеры более чем половине партийных функционеров среднего звена.