Во всяком случае, и Реформация, и католическое обновление были поставлены на службу правителям отдельных территориальных государств. Князьям по политическим мотивам и в условиях крайне запутанных прав на владения был необходим объединяющий духовный элемент. А поскольку религия пронизывала все сферы жизни, то этим элементом могло стать только единство вероисповедания. Поэтому в 1555 г. был наконец заключен Аугсбургский религиозный мир, который окончательно признал равноправие лютеранства и католичества, провозгласив принцип: «чья земля, того и вера». Это означало, что забота о спасении души является отныне делом князя, а не каждого отдельного верующего, который должен исповедовать ту же религию, что и правитель. Впрочем, у несогласных с этим оставалось право эмигрировать туда, где для каждого была узаконена близкая ему по духу религия.
Тем самым был сделан решительный шаг к внутреннему единению немецких территориальных государств и создана предпосылка для формирования их собственной государственности. Одновременно это означало дальнейшее ослабление империи, поскольку к политической раздробленности добавилась теперь и конфессиональная. Чем больше империя утрачивала черты государства, тем чаще Габсбурги занимались не имперскими, а своими австрийскими делами. Вместе с Реформацией начинается и медленное отчуждение Австрии от остальных немецких государств.
Теология Лютера исходила из Евангелия от Иоанна: «Вначале было Слово, и Слово было у Бога, и Слово было Бог». Библия стала единственным авторитетом евангелической веры, а значит, и Слово Божье следовало изложить на языке верующих людей. Перевод Лютером Нового Завета на немецкий язык стал крупнейшим событием в немецкой истории. Он перевел Библию, используя саксонский диалект, который с того времени стал немецким литературным языком.
Поток немецкоязычной, в основном теологической литературы быстро нарастал, отвечая запросам увеличившегося числа читателей. Так, популярный трактат Лютера «К христианнейшему дворянству немецкой нации» (1520) за 18 дней разошелся в количестве 4 тыс. экземпляров и сразу последовало второе издание. Язык Лютера объединил протестантские области Германии, по крайней мере в культурном отношении. Сам немецкий язык стал теперь означать нечто большее, чем просто собирательное понятие для множества отдельных диалектов.
Современники Лютера прославляли его как «немецкого Геркулеса» или «немецкого соловья», пробудившего чувство национального единства. Но вместе с тем парадоксом выглядит то, что Реформация как бы отбросила назад развитие Германии по сравнению с остальными странами Западной Европы. То обстоятельство, что она была осуществлена не во всей империи, привело к тому, что борьба между конфессиями осталась в Германии нерешенной. Конфессиональный раскол дополнил и углубил территориальную раздробленность. Отечеством стал город, в котором жил человек, или территориальное государство, правителю которого следовало повиноваться, да еще и исповедовать его религию.
Пути развития отдельных немецких государств разошлись не только в политическом и конфессиональном, но и в культурном плане. Расположенные в основном на западе и юге католические регионы империи оказались в сфере влияния католической контрреформационной культуры Южной Европы и в изоляции от протестантской Северной Германии. На юге под влиянием Франции и Италии расцвели музыка, живопись, пышная архитектура в стиле барокко, на севере — литература и церковная музыка. И по сей день в Германии заметны следы этого культурного раздвоения.
В этом смысле Германия оказалась на пограничной линии, разделявшей Европу. Однако если после Аугсбургского рейхстага в империи сохранялся мирный компромисс между католическими и лютеранскими землями, то теперь почти во всей Западной Европе разгорались ожесточенные религиозные конфликты. При этом камнем преткновения было не учение Лютера, а более радикальный кальвинизм, представители которого отклоняли лютеровский принцип повиновения власти и требовали насаждения своих религиозных истин любой ценой. По учению Жана Кальвина (1509-64), если правитель преследует веру своих подданных, то они должны оказывать самое активное' сопротивление вплоть до вооруженного. Такая гражданская война разразилась во Франции в 1562 г. Кальвинисты, называемые там гугенотами, взялись за оружие по всему королевству. Кровопролитные сражения продолжались до 1598 г., причем религиозные страсти вели с обеих сторон к чудовищным зверствам.