С началом кампании 1809 г. эрцгерцог был назначен командующим главной Германской армией (включавшей в себя около 175 тысяч человек). Рано утром 10 апреля 1809 г. его армия начала переправляться через реку Инн у Браунау и вторгся на земли Баварии. Карл в очередной раз проявил себя блестящим полководцем, одержав победу в сражениях при Абенсберге и Ландсхуте. 22 апреля 1809 г. его войска потерпели поражение в сражении при Экмюле, во время которого Карл, увидев после начала боя, как разваливается его южный фланг, отдал приказ отходить к Ратисборну, что дало ему возможность избежать полного разгрома и сохранить боеспособную армию. В то же время после сражения написал императору: «Если у нас будет еще одно такое сражение, у меня не останется армии».
16 мая к армии эрцгерцога присоединился генерал И. Хиллер, и общая численность войск Карла достигла 115 тысяч человек, и на следующий день он организовал демонстрацию у Линца. 21 мая австрийские войска под командованием эрцгерцога Карла нанесли поражение французской армии у Асперна, а 22 мая дали противнику кровопролитное сражение при Эсслинге. Здесь Карлу противостоял сам непобедимый Наполеон и эрцгерцог заставил его отступить! Потери австрийской армии составили ок. 23 тысяч человек, 6 пушек и 1 штандарт, противник же потерял ок. 37 тысяч человек. В качестве трофея австрийцам досталось 3 пушки, 2 знамени и 7 повозок с боеприпасами. Это стало первым крупным поражением Наполеона, хотя в целом эта победа Карла и не оказала существенного влияния на ход всей кампании.
Развить успех Карлу не удалось — эта победа отняла последние силы австрийской армии. 5–6 июля армия эрцгерцога (около 111 тысяч человек и 452 орудия) потерпела поражение от армии Наполеона (около 170 тысяч человек и 584 орудия) при Ваграме. Потери каждой из сторон составили около 25 тысяч человек. Тем не менее и после этой катастрофы эрцгерцог провел блестящее отступление в имперские земли, сохранив армию, и 12 июля 1809 г. заключил в Цнайме перемирие.
После этой неудачной кампании самый талантливый австрийский полководец этих лет навсегда оставил армию, хотя и продолжал считаться ее главнокомандующим (генералиссимусом). Возможно, Карл посчитал, что почти десятилетия реформ, которые он решительно проводил, слишком мало дали австрийской армии и смысла в их продолжении нет. В кампанию 1813–1814 гг. он участия не принимал, и лишь в 1815 г., когда пришло известие о возвращении с острова Эльба Наполеона во Францию, Карл согласился принять пост военного губернатора Майнца.
Лишь оставив армию, эрцгерцог занялся своей личной жизнью: лишь в 44 года — 17 сентября 1815 г. — он сочетался узами брака. Его избранницей стала 18-летняя принцесса Генриетта Нассау-Вейльбург (1797–1829). Его сыновья занимали высокие посты в австрийской армии: старший — Альбрехт (3 августа 1817 — 18 февраля 1895) — в 1866 г. стал фельдмаршалом и главнокомандующим австрийской армией в Италии; Карл Фердинанд (29 июля 1818 — 20 ноября 1874) получил чин фельдмаршал-лейтенанта, Фридрих (14 мая 1821 — 5 октября 1847) — адмирала, а Вильгельм (21 апреля 1827 — 29 июля 1894) стал фельдмаршал-лейтенантом и генерал-инспектором артиллерии.
Ниже приводится отрывок из статьи «Научный фундамент эрцгерцога Карла», опубликованной во втором томе книги «Стратегия в трудах военных классиков» в 1926 г.
Его наставления и уставы, изданные в 1806–1808 гг., представляют высокоценные труды. Это было первое переложение на бумагу, облечение в логическую форму новых явлений, выдвинутых революцией и Наполеоновскими войнами. Французские армии побеждали, руководствуясь в жизни еще неписаными нормами и формально не отбрасывая в архив доставшиеся им от эпохи Бурбонов уставы. Перевод логики военной мысли в рельсы нового бытия — это заслуга Карла[42]. Он собрал энергичных и разумных офицеров, запротоколировал опыт новейших войн, сделал надлежащие выводы. С чрезвычайной быстротой были в период подготовки к 1809 г. разработаны новые уставы. Карл постарался, чтобы новые мысли были облечены и в новое слово, и пригласил для редактирования уставов известнейшего историка и поэта — Шиллера. Можно поэтому не удивляться, что различные фразы уставов Карла жили в австрийской армии до мировой войны включительно, что прусская комиссия 1811 г. с участием Клаузевица пересадила их в значительной части и в прусскую армию, и что в исковерканном переводом виде попали они и в русскую армию, где, конечно, отсутствовали те предпосылки, которые в Германии, стонущей под игом Наполеона, заставили Шиллера взяться за неблагодарную работу — перечеканку в яркие, навсегда запечатлевающие фразы серого словоизвержения уставных комиссий.