В 1996 г. она была награждена Большим крестом за заслуги. Глава фракции ХДС в бундестаге и его партийный лидер Вольфганг Шойбле выдвинул Ангелу Меркель 22 октября 1998 г. на пост генерального секретаря ХДС. На съезде партии 7 ноября 1998 г. она была избрана 874 голосами против 68 на эту ответственную должность. По опросам Второго германского телевидения (ЦДФ) в марте 2000 г. Ангела Меркель заняла второе место в списке десяти самых популярных немецких политиков, опередив идущего сразу за ней канцлера Герхарда Шрёдера. Первое же место занял христианско-демократический премьер-министр Саксонии Курт Биденкопф.
10 апреля 2000 г. Ангела Меркель на съезде ХДС в Эссене подавляющим большинством голосов была избрана новым председателем партии. До этого она произнесла часовую речь, после которой тысяча делегатов, вскочив с мест, семь минут аплодировали и воодушевленно кричали «Энги!» («Теперь дела поправятся!»).
Министерская деятельность Ангелы Меркель мало кому запомнилась. Никаких резких поступков она не совершала, не выдвигала никаких экстравагантных предложений, была предана канцлеру, который в 1994 г. назначил ее министром по делам окружающей среды. Но в 1998 г. Хельмут Коль потерпел на выборах в бундестаг поражение и был вынужден уступить свой пост Герхарду Шрёдеру.
Когда начался коррупционный скандал, связанный с деятельностью уже бывшего канцлера Коля, которого обвинили в том, что ХДС принимал деньги на партийные нужды от крупных промышленников и финансистов, практически вся верхушка германских консерваторов ушла в тень. Тогда Меркель сделала тактически правильный шаг, попросив Хельмута Коля добровольно уйти с поста почетного председателя партии. В 2000 г. экс-канцлер подал в отставку с поста лидера ХДС, ушел он и из бундестага.
Накануне выборов в бундестаг 2002 г. Ангела Меркель при обсуждении кандидатуры на пост канцлера от блока ХДС/ХСС уступила лидеру ХСС Эдмунду Штойберу, который в свою очередь проиграл на парламентских выборах Герхарду Шрёдеру — кандидату от Социал-демократической партии Германии.
В собственной партии ее не очень любят старые функционеры ХДС. Ей ставят в укор все: от предательства Коля до внешнего вида, который совершенно не соответствует представлениям о том, как должна выглядеть удачливая женщина-политик, лидер одной из ведущих партий и претендент на пост главы правительства Германии. Только заняв кресло канцлера, «железная фрау» начала обращать внимание на то, как она выглядит.
В том, что Ангела Меркель вместе с ХДС победит на выборах, ни у кого из германских экспертов не было ни малейших сомнений. Экономический кризис последних лет вынес эту женщину на самый верх. Аналитики прогнозировали, что после победы Ангелы Меркель в отношениях России и Германии наступит похолодание. Однако, вероятнее всего, снова победит прагматизм. В то же время как человек, выросший в социалистической системе, она не испытывала симпатии к Советскому Союзу, что автоматически проецируется и на современную Россию, все еще черпающую свое политическое вдохновение в советском прошлом и никак не способную уйти от этого прошлого.
22 ноября 2005 г. Меркель была официально избрана бундестагом на пост канцлера. Из 611 действительных голосов за нее проголосовало 397 депутатов.
В отличие от всех предыдущих коалиционных кабинетов ФРГ пост вице-канцлера занял не лидер СДПГ Матиас Платцек, а другой руководящий функционер партии — Франц Мюнтеферинг, ставший министром труда и социальной политики. Кресло же министра иностранных дел, которое прежде всегда занимали вице-канцлеры, было отдано социал-демократу Францу-Вальтеру Штайнмайеру.
Высказывания и многочисленные интервью нового канцлера практически невозможно трактовать однозначно. Так, она говорит, что будет выстраивать тесные отношения с Россией — и одновременно, что не будет работать с Москвой «через голову» восточноевропейских стран, в первую очередь Польши. Меркель высказывается за «особые отношения» и новый альянс с Францией — и в то же время постоянно напоминает о приоритете отношений с Соединенными Штатами. Свои первые после избрания официальные заграничные визиты в декабре 2004 — январе 2005 г. Ангела Меркель нанесла в Париж, Лондон, Варшаву, США и сразу после этого — в Россию, с которой, по мнению Меркель, необходимо поддерживать и развивать хорошие отношения. Это в какой-то степени обозначило приоритетные направления немецкой внешней политики.
26-27 апреля 2006 г. в Томске состоялась важная встреча Меркель и президента России Путина. В ней участвовали 13 российских и 10 немецких министров и более 100 предпринимателей из обеих стран. Переговоры касались сотрудничества в области энергетики, молодежных обменов и координации научных исследований, ведь Томск является научной столицей Сибири.