Организация ВМФ требовала совсем небольших изменений, чтобы перейти на военные рельсы. Непосредственно под руководством Редера Штаб РВМ занимался стратегическим и оперативным планированием и прямым командованием рейдерами и их системами разведки и снабжения. Ниже штабных структур находились оперативные командования — Группы "Вест" и "Ост", которые отвечали за проведение морских операций и безопасность побережья. Большая часть крупных кораблей находилась в Северном море, и командующий флотом подчинялся Группе "Вест". Но в ходе особо важных операций Редер принимал командование лично на себя, что приводило к некоторому беспорядку и трениям в системе командования, особенно на первых этапах войны. Дениц в октябре был произведен в контр-адмиралы и командовал подводными силами. На этом посту он подчинялся только Штабу РВМ. Использование отдельных кодов подводными лодками вынуждало надводные корабли связываться с ними через Берлин. И это было не единственным недостатком системы.
В первый же день военных действий против Великобритании Редер встретился со своим штабом, чтобы пересмотреть планы флота в новой обстановке. В результате родился сильно сокращенный "План Z". Линкоры типа "Дойчланд", один из которых уже находился в море, должны были атаковать британское судоходство. 2 линейных крейсера должны были оставаться в Северном море — их присутствие там связало бы британские линейные крейсера и линкоры, ослабив потенциальное сопротивление рейдерам. Люфтваффе и минное заграждение (названное Западным Валом) в Германской бухте должны были предотвратить любые попытки союзников приблизиться к германским берегам и нарушить коммуникации в Скагерраке. Предусматривались стремительные рейды в районы Норвегии и Шетландских островов и к исландским проливам. Это заставило бы англичан разбросать свои силы.
От надводного флота не ожидали установления контроля над морем или хотя бы истощения сил Великобритании, что было основой стратегии в первой мировой войне. Вместо этого корабли должны были нарушать вражеские коммуникации, полагаясь на внезапность и отвагу. Предполагалось, что англичане проявят неповоротливость и нерасторопность, что облегчит действия германских кораблей. Удары по слабым пунктам растянутой системы британских коммуникаций должны были проводиться осмотрительно. Чтобы выжать максимум из имеющихся ограниченных сил, германские офицеры должны были избегать боя если только это не было абсолютно необходимо для достижения главной задачи.
Линкоры не предполагалось держать в отечественных водах, чтобы сохранить их. Они просто не могли действовать с приемлемой надеждой на успех в ключевых районах западнее и юго-западнее британских островов, известных как Западные Подходы. Расстояние в 2000 миль, которое следовало пройти, было только частью проблемы. Сначала следовало прорваться через проливы между Норвегией и Шетландскими островами на север, а потом на юг с той или иной стороны от Исландии. Большие расстояния означали, что линкорам потребуется дозаправка с танкеров в Атлантике, чтобы действовать более длительный период. Кроме того все понимали, что вывести корабли в эти районы возможно, зато вернуть их потом обратно в порты мимо поднятых на ноги англичан будет куда труднее. Так как у немцев не было ремонтных баз на берегах Атлантики, даже относительно небольшие повреждения могли привести к гибели корабля. По этой причине зона активных действий линкоров ограничивалась Исландскими проливами. Гораздо более мощный Флот Открытого Моря, кораблям которого не хватало дальности плавания, так и не решился на подобную отвагу.
Основной целью посылки в океан карманных линкоров на самом деле было не уничтожение торговых судов. Это был желательный, но побочный результат. Главной целью было решительное нарушение системы судоходства Британской Империи. Даже один карманный линкор в мировом океане должен был заставить союзников выделить большие силы для сопровождения конвоев, в том числе линкоры, прикрывать которые пришлось бы дополнительным эсминцам. Нехватка тех и других привела бы к более долгим перерывам в отправке конвоев, что неизбежно приводило к увеличению размеров конвоев. Обычная потеря эффективности судоходства при введении системы конвоев из-за уменьшения скорости и временной перегрузки портов привела бы усилена при увеличении размеров конвоя. И в то же время многим судам пришлось бы следовать без охранения, что превращало их в легкую добычу для любого противника. Чем больше районов попадало в сферу действия рейдеров, тем больше упала бы эффективность судоходства.