Мюффлинг провел реорганизацию Генерального штаба, который теперь состоял из трех «главных отделов». Первый отдел занимался вопросами личного состава (предшественник Главного управления), второй занимался вопросами, связанными с подготовкой, маневрами, дислокацией и мобилизационными планами, а третий – всеми техническими вопросами, включая артиллерию.
Изменения коснулись и военной формы, которая стала необыкновенно красивой. Синий мундир с пунцово-красным воротником и отделкой по обшлагам, расшитым серебром; белые брюки, серебряные эполеты и шляпа с белыми перьями. На полевой форме пунцово-красная отделка являлась отличительным знаком офицеров Генерального штаба. Согласно записям от 1821 года Генеральный штаб в составе восемнадцати офицеров (два генерал-майора, девять майоров, три капитана и четыре лейтенанта) базировался в Берлине. Пять офицеров были людьми незнатного происхождения. Во взаимодействии с Генеральным штабом работали тригонометрическое бюро (три офицера) и топографическое бюро (тридцать пять офицеров). Более половины штата топографического бюро составляли люди незнатного происхождения. Напрашивается вывод: для среднего класса технические службы являлись входной дверью в армию. Двадцать семь офицеров Генерального штаба служили в штабах армейских корпусов, двадцать в дивизионных штабах и шесть в качестве военных атташе за границей.
Мюффлинг возобновил принятые при Шарнхорсте поездки офицеров Генерального штаба с целью проведения рекогносцировки. Кроме того, он ввел собственные новшества. Например, военные игры (Kriegsspiel), в ходе которых оперативные ситуации разыгрывались на карте или в «песочнице».
Рассказывали, что как-то прусский военный атташе князь Карл фон Гогенлоэ описывал эти методы группе высокопоставленных австрийских офицеров. Они слушали его с неприкрытым удивлением. Наконец один из офицеров поинтересовался, как они ведут счет в ходе игры. Пруссак ответил, что никто не вел счета, ведь, в конце концов, они же не играли на деньги. «В чем же тогда смысл игры?» В 1866 году прусский Генеральный штаб равнодушно и беспощадно разделался с людьми подобного психического склада.
Мюффлинг, разрабатывая штабные поездки, находился под влиянием поражения 1806 года и считал, что расположенная среди равнин Пруссия может быть опять атакована коалицией, которая может прийти, как в Семилетней войне, с запада, юга и востока. Мюффлинга одолевали те же проблемы, связанные с географическим положением Пруссии, которые толкнули Фридриха Великого на превентивную войну с Саксонией. Придуманные Мюффлингом ситуации были связаны с вторжением врага с запада, из Вестфалии и Рура, с войной против австро-саксонского альянса (вполне реальное предположение, учитывая, что в 1815 году Пруссия приобрела значительные территории) и организацией обороны против вторжения с востока. Его мысли были строго ограничены оборонительными войнами. Ему была чужда, и с моральной, и с практической точки зрения, идея о превентивной войне.
Главное, что отличает эпоху Мюффлинга, это сосредоточение на военном образовании и возникновение связей между Генеральным штабом и знаменитым берлинским издательским домом «Эрнст Зигфрид Миттлер и сын» («Ernst Siegfried Mittler & Son»). На протяжении ста двадцати пяти лет этот издательский дом оставался постоянным издателем Генерального штаба; в нем печаталось большинство военных писателей. Именно в эти годы фон Лилиенштерн и Клаузевиц заслужили право называться духовными отцами прусского офицерского корпуса. Сам Мюффлинг всячески содействовал созданию военных школ и составил первый устав для офицеров Генерального штаба армии. Кроме того, ему принадлежит подробный отчет о кампании 1813–1815 годов.
При Мюффлинге Клаузевиц написал свой классический трактат «О войне», труд, ставший основополагающим документом для офицеров Генерального штаба. Клаузевиц служил в Генеральном штабе в 1808 году, затем с 1813-го по 1815 год и в 1831 году, однако его по праву можно причислить к самым выдающимся личностям, когда-либо служившим в Генеральном штабе.
Карл фон Клаузевиц родился 1 июня 1780 года в одной из тех обедневших семей низшего дворянства, столь характерных для Пруссии. Прадед Клаузевица был протестантским пастором в Лейпциге, дед – профессором теологии в Галле. Отец, Фридрих Габриэль Клаузевиц, во время Семилетней войны служил лейтенантом в гарнизонном полку; был тяжело ранен, в связи с инвалидностью вышел в отставку и получил низкооплачиваемую должность акцизного чиновника в Бреге, где женился на дочери городского чиновника из Мерсебурга.