Вначале этот разрыв со старыми традициями рыцарства как слуги империи был, до некоторой степени, замаскирован существованием ландскнехтов, которым сопутствовала контрактная, или коммерческая система. Но по этой же самой причине система ландскнехтов была полностью вытеснена, как только владетельные князья стали независимыми. Это особенно проявлялось в протестантских землях, ибо принц теперь стал высшей главой национальной церкви, равно как и принимал участие в обращении своего офицерского корпуса в прямой инструмент и символ своей абсолютной власти. Следовательно, в протестантских странах взаимоотношения между офицерским корпусом и его сувереном теперь опирались на совершенно иную религиозную платформу. Католический монарх не имел личной неразрывной связи с иерархами церкви, но продолжал, как и его подданные, принимать папу как свою верховную власть. С политической точки зрения император также сохранял большее влияние на католических принцев, чем на протестантских, персонифицируя собой идеал универсального христианства.
Возможно, в этом заключается одна из причин того, почему в Баварии (которая до своего объединения с Франконией, Швабией и Рейнским палатинатом была чисто католической страной) местная аристократия, пришедшая на смену средневековому рыцарству, составляла гораздо меньшую часть офицерского корпуса, нежели в протестантской Пруссии, где малочисленная аристократия поставляла почти всех офицеров. В Баварии XIX века в любом случае благодаря позиции большинства ее королей вопрос религии не играл столь значительной роли, как в Пруссии.
В Пруссии после смерти Фридриха Великого многие наиболее влиятельные паладины прусского национального духа оказывали длительное сопротивление каждому предложению о равных правах для обеих религий. Они хотели видеть Пруссию ведущей протестантской властью на континенте. Частично это широко распространенное антикатолическое отношение объяснялось тем фактом, что в доминирующей восточнопрусской половине страны католиками по национальности были в основном поляки и вряд ли они были лояльными, поскольку их рассматривали как низших в социальном и культурном плане людей. В начале 1880 года граф фон Шлиппенбах, инспектор Прусского военного училища, зашел так далеко, что предложил, чтобы «те кандидаты, которые обучались в старых прусских гимназиях, и особенно в протестантских, считались бы определенно высшего качества, чем те, что учились в католических школах или в учебных заведениях Южной Германии». Но с 1885 года и далее подобное мнение уже исчезло из рапортов инспектората. Вероятно, старый император способствовал этому. Еще за десять лет до этого, когда Kulturkampf была в самом разгаре, он доверительно высказался по этому поводу перед высшими офицерами, приказав предпринять «все усилия, чтобы сделать так, чтобы все вопросы, связанные с несчастной религиозной борьбой настоящего времени, не были бы вынесены на суды чести». Однако нельзя сказать, что нетерпимый дух Kulturkampf не сохранялся среди старших прусских офицеров даже в 1914 году и позже.
Другие религиозные организации или секты были запрещены в Пруссии. Например, был случай, когда сын отставного генерала из благородной семьи захотел поступить на службу, но этому помешали религиозные мотивы. Его отец был весьма религиозным человеком, однако он отходил все дальше и дальше от своей местной евангелической церкви, пока в конце концов не образовал собственную религиозную общину. Сын его не был конфирмован и не принадлежал ни к евангелической, ни к римско-католической церкви. Когда дядя, также отставной генерал и дворянин, спросил, каковы перспективы у молодого человека, тот ответил, что «его величество, скорее всего, их не одобрит».
Этот инцидент показывает, что Вильгельм II был верен своей религии. Однако в целом он был терпимым в религиозных делах, и, в отличие от ряда предшественников, его милость распространялась и на католицизм. Офицерский корпус в целом держал церковные и религиозные дела в рамках показных формальностей – такое было частью общих обычаев общества. Частные верования были личным делом индивидуума, и в целом офицеры обращали на это мало внимания. И все же «церковь» служила важным инструментом как в армии, так и на флоте, поскольку «трон и алтарь» воспринимались как глубоко связанные друг с другом. Божественная и военная службы были взаимосвязаны, вне зависимости от личных убеждений отдельного человека, и это слияние символизировало основание государства в христианстве.