Первым эту великую опасность понял Гермоген. 3 июня 1606 года Поместный собор Русской Православной Церкви избрал его Патриархом Московским и всея Руси. Царь с любовью вручил Гермогену жезл святого Петра Митрополита, а Гермоген с любовью благословил царя. Оба понимали, в какое тяжёлое смутное время заключён их союз.
Дни пришли поистине роковые. Шаховской развернул сатанинскую деятельность, чтобы мятеж охватил одновременно Россию и Украину. Он писал указы именем Димитрия и прикладывал к ним похищенную им печать. Вот где сказалась его предусмотрительность, подтверждающая, что он действовал не один. Да, всё было предусмотрено заранее. И разумеется, не одним Шаховским. Неудавшийся заговор против России продолжался. Шаховской распространял слухи, что Димитрий в одежде инока до времени вынужден скрываться. Оправдывались слова одного поляка, сказавшего после убийства самозванца: «Вы хоть умрите от злости, а мы всё равно дадим вам своего царя!»
На этот раз мятежники действовали со свирепой жестокостью: вешали, распинали, сажали на кол, сбрасывали с башен. Честных людей, не желавших изменять царю, силой заставляли присоединяться к мятежникам. Верность царю называлась изменой, злодейство — доблестью, грабёж — справедливостью. Совершалось самое страшное, что может быть и что вело к нравственной гибели общества, — искажался смысл жизни, совершалась подмена понятий. На захваченных мятежниками землях люди отходили от прежних обычаев, ставили их ни во что. Если нарушение клятвы искони почиталось грехом, то ныне клятва не считалась за клятву. Над крестным целованием смеялись.
По всей стране распространялась зараза беззакония и своеволия.
Начались нестроения и в верховной среде. Одни из бояр были враждебны царю по личным родовым отношениям, другие, как князь Голицын, сами претендовали на престол и оттого готовы были ухватиться за любой предлог, чтобы восстать. Третьи были смутниками из желания перемен, особенно выдвиженцы, каких много появилось в правление Годунова.
Все эти люди не затрудняли себя поисками причин, чтобы быть недовольными царём Василием. Причины сыскались сами, когда Василий разослал в отдалённые пределы бывших приверженцев самозванца. Князь Рубец-Мосальский, дворецкий самозванца, был послан воеводою в Карелу, «великого секретаря» Афанасия Власьева послали воеводою в Уфу. Михайле Салтыкову дали начальство в Ивангороде, Богдану Бельскому — в Казани. И многих, неугодных царю, выслали в дальние города. Не замедлил подняться ропот среди их родных и сторонников. Царь-де нарушил свой обет не мстить никому лично. Но видеть ли в ссылке друзей и близких расстриги Отрепьева, врага отечества, личную месть царя? Не первый ли долг царя обезопасить державу от людей, которые стали бы ей вредить? Годунов упёк бы их в отдалённые монастыри под строгий присмотр приставов, а при Грозном их головы полетели бы с плахи. И никто бы не роптал. Будущее подтвердит, что все сосланные были злодеями своему отечеству.
Что было винить лихих людей да пришельцев на нашу землю, если сами бояре да дворяне были творцами смуты! Спасти ли мир в державе одним лишь оружием при такой раскладке сил?
И царь с патриархом стали искать, как очистить общество
После торжественного совещания с духовенством и синклитом определили позвать в Москву бывшего патриарха Иова для
«Государю отцу нашему, святейшему Иову-патриарху, сын твой и богомолец Гермоген, Патриарх Московский и всея Руси, Бога молю и челом бью. Благородный и благоверный, благочестивый и христолюбивый великий государь царь и великий князь Василий Иванович, всея Руси самодержец, советовавшись со мной и со всем освящённым собором, с боярами, окольничими, дворянами, с приказными людьми и со всем царским синклитом, с гостями, торговыми людьми и со всеми православными христианами паствы твоей, послал молить твоё святительство, чтоб ты