В том же году тот получает за боевые отличия на земле Финляндии производство в премьер-майоры, переводится в Тобольский пехотный полк с оставлением дежурным майором при Игельстроме. В 1791 году Барклай-де-Толли впервые получает строевую командную должность: он назначается командиром батальона вновь сформированного Санкт-Петербургского гренадерского полка, показав себя умелым воспитателем нижних чинов.
Происходят изменения и в личной жизни Барклая-де-Толли. Он женится: его избранницей стала кузина Елена Ивановна (Елена Августа Элеонора), как и мать, урожденная Смиттен, дочь перновского ландрихтера. Супруга, тоже исповедовавшая лютеранство, принесла мужу с приданым небольшое поместье Бекгоф в Фелинском уезде Лифляндской губернии.
В следующем 1792 году полк походным порядком отправляется в Польшу, в которой вызрели тревожные для империи события. В июне гренадеры квартируют в Вильно, а оттуда отправляются на зимние квартиры в Гродно.
Когда в апреле 1794 года вспыхнуло восстание в Варшаве, полку, в котором служил М.Б. Барклай-де-Толли, ставится задача взять Вильно. После его штурма батальонный командир, произведенный в подполковники, отличается в боях с отрядом полковника Грабовского, который начал движение к российской границе. Польские повстанцы терпят поражение, а их начальник вскоре попадает в плен.
Гренадерский полк возвращается на постой в Гродно. Барклай-де-Толли жалуется в Георгиевские кавалеры, будучи награжден Военным орденом 4-й степени.
В том же году следует перевод в Эстляндский егерский корпус командиром его 1-го батальона. В 1797 году батальон разворачивается в 4-й егерский полк (с 1801 года – 3-й егерский полк). Барклай-де-Толли сперва был его командиром, а затем назначается шефом, «сколачивает» полк в полноценную боевую единицу и через год получает чин полковника. В 1799 году 41-летний полковой командир за отличиную подготовку своих егерей производится в генерал-майоры.
За девять лет успешного командования егерским полком пехотный генерал приобрел большой опыт и проявил незаурядные способности, которые не остались незамеченными.
…Когда началась Русско-австро-французская война 1805 года, Барклай-де-Толли командовал бригадой в армии генерала Л.Л. Беннигсена и не успел к сражению 20 ноября под Аустерлицем. Следует возвращение в пределы России.
Затем начинается Русско-прусско-французская война 1806–1807 годов. В первой ее кампании генерал-майор М.Б. Барклай-де-Толли командует отдельным передовым отрядом, защищавшим от французов берег Вислы, а затем возглавляет авангард русской действующей армии.
Противники в тех боях на земле Восточной Пруссии были у него знатные. Пришлось выдержать и яростную атаку прославленного победами наполеоновского маршала Жана Ланна. И вместе с подошедшими войсками генерала Сакена в ходе контратаки опрокинуть дивизию генерала Гюдена. И вести упорный двухдневный бой с авангардом корпуса маршала империи Пьера Ожеро на речной переправе через Вкру.
14 декабря командовал первой линией правого фланга русской армии в сражении под Пултуском. В ходе сражения французам так и не удалось выйти в тыл противнику и отрезать русскую армию от переправ через реку Нарев. Во многом это была заслуга егерской пехоты. Д.М. Бантыш-Каменский так описывает эту страницу биографии Барклая-де-Толли, который:
«…На кровопролитном Пултуском сражении находился впереди правого фланга нашего с тремя егерскими полками, Тенгинским мушкетерским и Конно-польским.
Тщетно маршал Ланн силился отрезать сообщение правого фланга с частью корпуса Графа Буксгевдена: Барклай-де-Толли мужественно выдержал стремительное нападение французских колонн, но, по мере усиления их, принужден был податься несколько назад; потом, поддерживаемый батареею, поставленною в кустарниках, ударил в штыки, опрокинул и отбил отнятыя пушки.
Французы возобновили нападение с большим ожесточением: Барклай-де-Толли снова отступил; но, подкрепленный мушкетерскими полками, Черниговским и Литовским, напал на неприятельские колонны с примкнутыми штыками, произвел в оных ужасное кровопролитие и много содействовал к одержанию победы…»
Наградой генерал-майору и шефу 3-го егерского полка за начальственную распорядительность и примерное мужество на поле брани стал второй по счету Военный орден Святого Георгия, но уже 3-й степени.
При отступлении армии от Пултуска Барклай-де-Толли командовал арьергардом в сражениях 21 января 1807 года при Ауштедте, 22 января под Янковым и 24 января при Гоффе (ныне Дворжно, Польша).
В последнем случае его отряд, заняв позицию на правом берегу реки Алле, начал жаркий бой с подошедшими французами. В дело вступили войска корпусов маршалов Даву и Сульта, а к Гоффе прибыл сам император Наполеон. Русский отряд, потеряв свыше половины своего состава, более суток стойко сражался на арьергардной позиции.
Когда по окончании Русско-прусско-французской войны 1806–1807 годов два императора – России и Франции встретятся для переговоров в пограничном городе Тильзите, стоящем на Немане, Наполеон спросит Александра I: