Когда Сталин послал его в Восточную Пруссию, то приказал удвоить эскорт самолетов. Новиков положил трубку и сидел хмурый.
В ходе Кенигсбергской операции Новиков лично координировал действия пяти воздушных армий. Стремясь максимально усилить удары с воздуха, Главный маршал авиации решил поднять в воздух тяжелые бомбардировщики 18-й BA дальнего действия всем составом днем. 7 апреля 1945 г. в 13.10 516 боевых самолетов дальней авиации поднялись в небо. Всего же в операции участвовало 2500 боевых самолетов. 9 апреля гарнизон крепости капитулировал.
В апреле 1945 г. Новиков был удостоен звания Героя Советского Союза. В сентябре того же года за умелое руководство авиацией в советско-японской войне он был награжден второй медалью «Золотая Звезда».
Нельзя не затронуть роли сына Сталина Василия в судьбе маршала. Елизавета Федоровна, вторая жена Новикова, подружилась во время войны с женой Василия Сталина, Галиной. Поэтому Василий неоднократно бывал в доме маршала. Новикову докладывали о том, что Василий нарушает дисциплину, устраивает пьянки-гулянки: «Сопляк! В такое время! На фронтах гибнут лучшие летчики! А этот обормот….» Новиков никогда и никому не позволял разгильдяйства. Он решительно потребовал от Василия неукоснительного соблюдения дисциплины. Из трех машин (одна из них была арестованного в начале войны генерала С. Черных) он оставил у Василия одну. Последний же, пользуясь каждым удобным случаем, докладывал отцу. Шел вызов на ковер, шла проверка изложенных Василием «фактов».
Когда сын вождя Василий, будучи командиром 32-го гиап, по глупости во время рыбалки получил ранение, а его подчиненный погиб, Новиков добился его отстранения от командования. Он лично зачитал приказ И. Сталина о снятии Василия перед строем летчиков полка.
Во время Потсдамской конференции Василий, чтобы помириться с отцом, написал письмо, в котором жаловался, что наши самолеты очень плохие, летчики на них бьются, а вот американские самолеты — это настоящие. Вскоре состоялась и их первая встреча после 1943 г.
В канун Нового года, несмотря на возражения Новикова, Сталин прямо намекает, чтобы Василию было присвоено генеральское звание.
После возвращения с Дальнего Востока Новиков с присущей ему энергией, начинает подготовку к послевоенному развитию авиации. 16 января 1946 г. представляет Сталину «Служебную записку» по этому вопросу. Его предложения были приняты. 22 марта 1946 г. вышло постановление Совета Министров о перевооружении ВВС, истребительной авиации ПВО и авиации ВМС на современные самолеты отечественного производства.
2 марта 1946 г. Василию Сталину присвоено звание генерал-майора авиации, а 4 марта командующий ВВС отстранен от своей должности без всяких оснований.
Вскоре были арестованы нарком авиационной промышленности Шахурин[63] и его сотрудники.
Из показаний, составленных следователями и которые измотанный допросами, бессонницей, после угроз расстрела и расправы с семьей A.A. Новиков в конце концов подписал, следовало, что Т.К. Жуков якобы возглавляет военный заговор. Отмечалось, что Жуков считал Сталина совершенно некомпетентным человеком в военном деле, что он «как был, так и остался «штафиркой». В «показаниях» далее указывалось, что при посещении войск Жуков якобы располагался вдали от фронтов.